结论：村内人承包村内水井，由村开具农村集体经济组织作为票据支出，这一行为在符合相关法律法规和村集体内部规定的前提下，是合法的。但具体合法性还需根据实际情况和具体规定来判断。
分析说明：
农村集体经济组织票据的合法性：
- 农村集体经济组织作为村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，其开具的票据在村集体内部具有一定的合法性。这种票据通常用于记录村集体内部的财务收支情况，是村集体财务管理的一种方式。
- 如果村内人承包水井的行为是经过村集体讨论决定，并且承包费用等收支情况都通过农村集体经济组织进行记录和管理，那么开具农村集体经济组织票据作为支出凭证是合理的。
承包行为的合法性：
- 承包水井的行为本身需要符合相关法律法规和村集体的规定。例如，承包合同需要明确双方的权利和义务，承包费用需要合理且经过村集体同意等。
- 如果承包行为本身存在违法或违规情况，如未经村集体同意擅自承包、承包费用不合理等，那么即使开具了农村集体经济组织票据，也不能掩盖其违法性。
票据的真实性和合规性：
- 除了票据的开具主体需要合法外，票据本身也需要真实、合规。票据上应明确记载支出事项、金额、时间等信息，并且需要经过相关人员的签字或盖章确认。
- 如果票据存在虚假记载、涂改等情况，或者未经相关人员签字或盖章确认，那么票据的合法性将受到质疑。
法律建议：
- 对于村内人承包村内水井并由村开具农村集体经济组织作为票据支出的行为，建议首先确认承包行为本身是否合法合规，包括承包合同的签订、承包费用的确定等。
- 其次，需要确认票据的真实性和合规性，包括票据的开具主体、记载事项、签字或盖章情况等。
- 如果对上述方面存在疑问或不确定，建议咨询当地相关部门或专业律师，以确保行为的合法性和合规性。
可能后果：
- 如果承包行为或票据开具存在违法或违规情况，可能会面临相关部门的处罚或纠正，甚至可能引发法律纠纷。
- 因此，在进行此类行为时，务必确保合法合规，以避免不必要的法律风险和损失。
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