农村集体水井承包给个人的合同是否合法，需结合具体情况及法律规定综合判断。以下从合法与不合法的情形分别进行分析，并指出判断依据的主要法律。
合法的承包情形
遵循法定程序：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》及相关规定，农村集体水井（若属于集体所有）的承包，必须经过本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。例如，某村集体在决定将水井承包给个人前，依法召开了村民会议，确保了参会村民的数量和同意比例，且获得了乡（镇）政府的批准，这样的承包行为是合法的。
签订规范合同：
- 发包方（如村委会）与承包方（个人）应签订书面承包合同，明确双方的权利、义务、承包期限、承包费用及用途限制等条款。合同内容必须合法，不违反国家法律法规的强制性规定。比如，合同中若明确承包方仅能将水井用于灌溉等合法用途，不得进行污染性开发，只要该约定不违反法律强制规定，此类承包行为即为合法。
符合规划与用途管制：
- 水井的承包经营活动还需与当地土地利用总体规划、水资源保护规划等相符。承包后，个人应按照规划进行合理利用，如灌溉、生活用水等，不得破坏生态环境和水资源，亦不可违反其他相关规划和用途管制要求。
不合法的承包情形
未经法定程序：
- 若未遵循上述法定程序，如未经村民会议讨论或未达到法定同意比例，或未报乡（镇）人民政府批准，村集体擅自将水井承包给个人，则该承包行为违法。例如，少数村委会成员未经村民会议同意，私自与个人签订承包合同，此合同可能无效。
合同内容违法：
- 承包合同内容若违反法律法规的强制性规定，如允许承包方在水井周边进行污染性活动，严重破坏水资源和生态环境，或改变水井主要用途进行非法建设等，此类合同无效，承包行为亦不合法。
不符合规划与用途管制：
- 若承包方的经营活动违反了当地的相关规划和用途管制要求，如将饮用水水源保护区的水井用于非生活用水等可能污染水源的活动，这种承包经营行为同样是不合法的。
判断依据的主要法律
- 《中华人民共和国农村土地承包法》：该法规定了农村土地承包的基本原则、程序、合同内容等，是判断农村集体水井承包给个人是否合法的主要依据。
- 《中华人民共和国水法》及相关水资源保护法规：这些法规规定了水资源的保护、利用和管理要求，承包水井进行经营活动时需遵守。
特别注意事项：
- 在考虑农村集体水井承包的合法性时，还需特别关注水井的用途和性质。对于涉及公共利益的水利设施，如生活用水等，其承包和使用应更加谨慎，以确保不影响公共安全和利益。
- 承包者在经营过程中必须严格遵守相关法律法规，不得擅自改变水井的既定用途和功能，以保障水井的安全和正常运行。
综上所述，农村集体水井承包给个人的合法性取决于具体的承包程序是否符合法律规定，以及承包活动是否遵守了相关法律法规和规划要求。若您在此方面有具体疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。