关于您提出的“交水费卫生费要开农村发票是否合法”的问题，这主要取决于具体的收费主体、收费性质以及当地的财务管理规定。以下是我根据相关政策文件和常规做法，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，发票的开具应当遵循国家税收法律法规和财务管理规定。对于水费和卫生费的收取，如果是由供水公司或相关政府部门直接收取，并且这些费用属于应税项目，那么他们应当开具正式的税务发票，如增值税普通发票等。
针对您提到的“农村发票”，这通常指的是由农村集体经济组织或相关管理机构开具的收据或发票。在村级水电费收缴的情境中，根据一些地方政府的规范文件（如您提供的《关于规范村级水电费收缴的通知》），村级组织在代收代缴水电费时，可能会使用统一的收据或发票进行记录和管理。这些收据或发票虽然可能不同于正式的税务发票，但在当地财务管理和审计中是被认可的，用于证明费用的收取和支出情况。
关于合法性：
如果村级组织是按照当地政府的规定，使用统一的收据或发票进行水电费收缴，并且这些收据或发票在当地财务管理和审计中被认可，那么这种做法是合法的。这些收据或发票可以作为费用收取的凭证，用于村级财务的记账和审计。
如果村级组织没有按照规定使用统一的收据或发票，或者使用了非法的票据进行费用收取，那么这种做法是不合法的。这可能导致财务管理混乱，甚至可能涉及贪污、挪用等违法行为。
对于卫生费，如果它是由村级组织收取并用于村庄公共卫生的维护和管理，且收取过程符合当地政府的规定和财务管理要求，那么使用农村发票（或统一收据）进行记录也是合法的。
建议：
综上所述，交水费卫生费时是否要开农村发票（或统一收据）以及这种做法是否合法，取决于具体的收费主体、收费性质以及当地的财务管理规定。在大多数情况下，如果村级组织是按照规定进行费用收缴并使用统一的收据或发票进行记录和管理，那么这种做法是合法的。