针对您提出的“村集体经济组织能否合法开具发票”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
村集体经济组织在符合相关法律法规和税务规定的前提下，是可以合法开具发票的。
首先，从法律法规的角度来看，村集体经济组织作为特殊法人，在县级农业农村主管部门登记后，可以依法开展经营活动。根据《税务登记管理办法》的相关规定，从事生产、经营的纳税人未办理工商营业执照但经有关部门批准设立的，自有关部门批准设立之日起30日内应申报办理税务登记。因此，由农业农村部门批准设立的村级股份经济合作社，可以直接在税务部门办理税务登记，无需另行办理工商营业登记。这一规定为村集体经济组织合法开具发票提供了法律基础。
其次，从税务实践的角度来看，村集体经济组织在办理税务登记后，可以依法申请领用发票，并按照规定开具。当村集体经济组织实际从事“农产品生产销售”等业务时，税务部门可依申请为其核定农产品销售发票。这解决了村集体经济组织在农产品销售过程中“开票难”的问题，使其能够合法、规范地开具发票。
此外，为了确保村集体经济组织合法开具发票，还需要注意以下几点：
严格会计核算凭证使用：按照《中华人民共和国会计法》和《敦化市农村集体资产及财务管理办法》等法律法规，经济业务发生后，款项收支必须取得合法真实票据并入账核算。农村集体经济组织不得使用与实际经济业务不符的发票，不得以虚假的经济业务事项或者资料进行财务会计核算。
增强行业自律意识：镇农业农村部门（农经服务机构）应加大对农村集体经济组织人员、会计人员的培训力度，使他们掌握国家会计制度和税收制度有关要求，明确自身工作职责，增强自律意识，做好本单位财务管理和会计核算工作。
强化民主法纪监督：农村集体经济组织监事、村务监督委员会应充分发挥监督职责，强化对本集体经济组织财务会计核算的事前、事中监督，对违反财经纪律行为要坚决制止。
综上所述，村集体经济组织在符合相关法律法规和税务规定的前提下，是可以合法开具发票的。但为了确保合法合规，还需要严格遵守会计核算凭证使用规定、增强行业自律意识以及强化民主法纪监督。