集体经济组织在特定条件下是可以开发票的。
首先,依据《民法典》的规定,村股份经济合作社属于特殊法人,作为村集体资产的管理组织,它们在县级农业农村主管部门登记后,可以依法开展经营活动。此外,根据国家税务总局制定的《税务登记管理办法》,从事生产、经营的纳税人,即使未办理工商营业执照但经有关部门批准设立的,也需要在批准设立之日起30日内申报办理税务登记。因此,由农业农村部门批准设立的村级股份经济合作社可以直接在税务部门办理税务登记,而无需另行办理工商营业登记。
其次,关于集体经济组织能否开具农产品销售发票的问题,农业农村主管部门为村级股份经济合作社统一制发的《农村集体经济组织登记证》上,会载明其登记经营范围包括“农业生产发展”等业务。这一业务与农产品生产、销售高度关联,因此可以作为合作社从事“农产品生产销售”业务的依据。当合作社实际从事这一业务时,税务部门可以依申请为其核定农产品销售发票。
综上所述,集体经济组织在办理了相关税务登记,并且实际从事农产品生产销售等业务时,是可以向税务部门申请开具发票的。这一政策不仅有助于解决村级股份经济合作社在农产品销售过程中的“开票难”问题,也进一步促进了村集体经济的健康、有序发展。