结论：上班时在卫生间抽烟是否可以扣绩效工资不能一概而论，需分情况讨论。
- 若公司规章制度明确规定禁止在工作场所（包括卫生间）抽烟，且规定违反该规定可扣绩效工资：
- 从合法性角度来看，公司有权依据合法有效的规章制度对员工进行管理。根据《劳动合同法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将规章制度公示或者告知劳动者。
- 如果公司的这项规章制度经过了上述法定程序制定并公示告知了员工，那么员工在卫生间抽烟的行为就违反了公司规定，公司可以依据该规定扣除其绩效工资。不过，扣除的金额应当合理，不能超过员工当月应得绩效工资的一定比例，具体比例可根据公司规定和实际情况确定，但一般不应过高，否则可能被认定为克扣工资。
- 若公司规章制度未明确规定禁止在卫生间抽烟以及违反可扣绩效工资：
- 此时公司直接扣除员工绩效工资缺乏明确的制度依据，这种做法可能不合法。员工有权要求公司说明扣绩效工资的理由和依据，如果公司无法提供合理的解释和有效的制度支撑，员工可以向劳动监察部门投诉，要求公司返还被扣除的绩效工资。
- 另外，即使公司没有相关规章制度，但如果员工在卫生间抽烟的行为严重违反了基本的劳动纪律或者给公司造成了重大损失，公司也可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以员工严重违反用人单位的规章制度（这里的规章制度可理解为基本的劳动纪律和职业道德要求）或者严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害为由，解除与员工的劳动合同，但一般不能直接扣除绩效工资。
如果遇到此类情况，你可以进一步向我咨询具体的应对措施。