关于您提出的“抽烟被罚款公司是否会扣工资”的问题，这确实是一个涉及员工权益和公司管理规定的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、一般情况下，公司对抽烟员工进行罚款是不合法的
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并没有直接对员工进行罚款的法定权利。这些法律的核心在于保障劳动者的合法权益，包括劳动报酬的支付和财产权的保护。
- 罚款属于对公民财产权的一种剥夺，而根据我国宪法和法律规定，公民的合法财产受法律保护，非经法定程序和法定事由，任何单位和个人不得随意剥夺。公司作为非行政执法机关，一般无权对员工实施罚款行为。
具体法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第九十一条明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。这意味着，企业不能随意以罚款形式扣减员工工资。
- 《中华人民共和国行政处罚法》也规定了行政处罚的设定和实施必须以事实为依据，且必须公布。企业作为非行政机关，不具备行政处罚权，因此不能对员工进行罚款等行政处罚。
二、特定情形下，公司对违规抽烟员工进行经济处罚可能具有一定合理性
有合法依据的情况：
- 如果公司在制定规章制度时，明确规定了禁止在特定区域（如生产车间、仓库等存在火灾安全隐患的区域）吸烟，并规定了相应的违规处罚措施。
- 该规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并向劳动者进行了公示或者告知。
罚款性质与金额的限制：
- 在这种情况下，员工违反规定在禁止吸烟区域吸烟，公司按照规章制度进行的经济处罚，其性质更倾向于一种违约责任的承担方式，即员工违反了与公司之间的约定，需要承担相应的经济责任。
- 即使在有合法依据的情况下，公司对员工的“罚款”金额也应当合理，不应明显超出员工因违规行为给公司造成的损失，或与员工的工资收入严重不相称。
三、员工权益保护建议
- 了解公司规章制度：员工应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于违规行为的处罚措施，以确保自己的行为符合公司规定。
- 提出申诉：如认为公司罚款行为不合理或存在违法行为，员工可以向公司相关部门提出申诉，要求公司重新审查并作出公正处理。
- 寻求法律援助：若公司未能给予公正处理或员工认为公司存在违法行为，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司对抽烟员工进行罚款在一般情况下是不合法的。但在特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定理由。然而，这种处罚应谨慎使用，并确保其合理性和合法性。作为员工，了解自己的权益和公司的规章制度至关重要，以便在必要时采取适当的行动来保护自己的合法权益。