结论：员工怀孕期间与公司闹矛盾要求赔偿5万是否合理，不能一概而论，这取决于具体的矛盾原因、公司行为是否违法以及员工因此遭受的损失等多个因素。下面我将从不同角度进行分析。
一、从公司行为是否违法的角度分析
如果公司存在违法行为：
- 根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在怀孕期间享有特殊的劳动保护权益，包括不得降低工资、不得解除劳动合同（除非员工有严重违纪等法定情形）、应当提供适合女职工的劳动条件和劳动保护等。
- 如果公司违反了这些规定，比如无故降低工资、违法解除劳动合同或者未提供必要的劳动保护等，员工有权要求公司承担相应的法律责任，包括赔偿因此造成的损失。此时，员工要求赔偿5万是否合理，需要根据实际损失情况、公司违法行为的严重程度以及相关法律法规的规定来综合判断。
如果公司不存在违法行为：
- 如果公司没有违反任何法律法规，员工与公司之间的矛盾可能源于其他原因，如工作安排、个人发展等。在这种情况下，员工要求公司赔偿5万可能缺乏法律依据，除非双方能够协商达成一致。
二、从员工实际损失的角度分析
- 员工要求赔偿的金额应当与其实际遭受的损失相匹配。如果员工因为公司的违法行为（如违法解除劳动合同）而失去了工作，那么她可以要求公司支付经济补偿金、赔偿金等，具体金额需要根据她的工资水平、工作年限以及相关法律法规的规定来计算。
- 如果员工没有遭受实际损失，或者损失远小于5万，那么她要求赔偿5万可能就不太合理。
三、从协商与调解的角度分析
- 在处理此类纠纷时，协商与调解是首选的方式。员工可以与公司进行沟通，尝试达成一个双方都能接受的赔偿方案。如果协商不成，还可以寻求劳动争议调解委员会的帮助进行调解。
- 通过协商与调解，双方可以更加理性地看待问题，避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。
四、从法律诉讼的角度分析
- 如果协商与调解无果，员工可以选择通过法律诉讼来维护自己的权益。在诉讼过程中，法院会根据双方提供的证据和法律法规的规定来判决赔偿金额。
- 需要注意的是，法律诉讼是一个复杂且耗时的过程，员工需要做好充分的准备和应对。
建议：
- 对于员工来说，如果认为自己怀孕期间公司的行为侵犯了自己的权益，首先应当收集相关证据，如工资单、劳动合同、解除劳动合同通知书等，以便在协商、调解或诉讼过程中证明自己的主张。
- 同时，员工也可以咨询专业的律师或法律援助机构，了解自己的权益和可能的赔偿金额，以便更加理性地处理纠纷。
如果您有具体的矛盾情况或损失情况需要咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况给出更加详细的法律建议。