关于“员工效率低，店长加班怎么算”的问题，需要分情况来讨论，核心结论如下：

1. 店长加班与员工效率低无直接关联时的加班费计算
   如果店长加班是因为其自身职责范围内的工作任务未完成，或因店铺整体运营需要（如盘点、培训、处理突发事件等），与个别员工效率低无直接因果关系，那么店长的加班费应按照《劳动法》第四十四条的规定计算：
   

• 工作日加班：支付不低于工资150%的加班费；
  
• 休息日加班且未安排补休：支付不低于工资200%的加班费；
  
• 法定节假日加班：支付不低于工资300%的加班费。
  这种情况下，员工效率低不影响店长加班费的计算标准，但店长可依据公司制度对效率低的员工进行管理或考核。

1. 店长因员工效率低被迫加班时的责任划分
   如果店长加班是因为个别或部分员工效率低下，导致其不得不延长工作时间完成本应由员工完成的任务（如代班、补漏、协调等），则需区分以下情形：
   

• 若员工效率低属于个人能力或态度问题：店长可依据公司规章制度对员工进行绩效扣分、警告、调岗或解除劳动合同等处理，但加班费仍按店长实际加班时间计算，由公司承担；
  
• 若员工效率低因公司管理缺陷导致（如排班不合理、培训不足、设备故障等）：公司需承担管理责任，店长加班费仍按标准支付，同时公司应优化管理以避免类似情况；
  
• 若店长未合理分配任务或管理失职：导致员工效率低，则店长可能需承担部分管理责任，但加班费仍按实际加班时间计算，公司不得以此为由克扣。

1. 公司能否以“员工效率低”为由拒绝支付店长加班费？
   不能。根据《劳动法》，加班费的支付以“实际加班事实”为前提，与员工效率无关。即使员工效率低导致店长加班，公司也需依法支付加班费，但可另行通过绩效考核、培训等方式提升员工效率或调整人员配置。

建议：

• 店长应保留加班证据（如考勤记录、工作邮件、任务分配记录等），以便主张加班费；
  
• 公司应完善员工效率考核机制，明确效率低下的定义及处理流程，避免因管理混乱导致额外人力成本；
  
• 若因员工效率低引发纠纷，建议通过书面警告、培训记录等证据固定事实，再依法处理。
  

如有进一步细节（如公司规章制度、加班具体原因等），可继续向我咨询，我会结合具体情况为您分析。