结论：在两个单位合并后，若原单位拒绝支付加班费，您应当起诉合并后的新单位。
详细分析：
法律主体变更：
- 当两个单位合并时，根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，合并后的单位将继承原单位的权利和义务。这意味着，原单位的所有债务，包括未支付的加班费，都将由合并后的新单位承担。
加班费支付义务：
- 加班费是劳动者因超出正常工作时间工作而应得的报酬，是劳动者的合法权益。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位有义务支付劳动者加班费。若原单位未支付，合并后的新单位作为继承者，有义务继续履行这一支付义务。
起诉对象选择：
- 在此情况下，您应当起诉合并后的新单位，因为它是原单位权利和义务的继承者。起诉原单位可能因法律主体已不存在而无法得到有效救济。
诉讼准备与证据收集：
- 在提起诉讼前，您需要收集相关证据，如加班记录、工资单、劳动合同等，以证明您存在加班事实且原单位未支付加班费。这些证据将有助于您在诉讼中维护自己的合法权益。
法律程序与救济途径：
- 您可以先尝试与合并后的新单位进行协商，看是否能够达成和解并支付加班费。若协商无果，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁。若对劳动仲裁结果不满，您还可以向人民法院提起诉讼。
建议：
- 在处理此类纠纷时，建议您保持冷静，依法维权。收集并保存好所有相关证据，以便在需要时提供证明。
- 若您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。
后续行动：
- 若您决定提起诉讼或申请劳动仲裁，请尽快行动，以免错过法定的诉讼时效或仲裁时效。
- 在整个过程中，保持与合并后新单位的沟通，看是否能够通过协商解决问题，减少不必要的法律纠纷和成本。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。