核心结论：乙方可通过以下方式保护自身权益，但需根据具体法律关系和合同条款选择适用路径：

1. 明确法律关系，区分责任主体

   • 若乙方与农民工为劳动关系，则工资支付义务主体为乙方（《劳动合同法》第30条）。此时农民工直接向甲方索要工资缺乏法律依据，乙方可要求农民工通过劳动仲裁向乙方主张权利。
     
   • 若乙方与农民工为劳务关系（如包工头雇佣），则需审查乙方与甲方的合同约定：
     
     • 若合同明确约定甲方直接向农民工支付工资（如建筑领域实名制管理要求），则乙方可主张甲方未履行合同义务，要求甲方承担违约责任；
       
     • 若合同无此约定，则农民工仍应向乙方索要劳务费，乙方承担支付义务后，可依据合同向甲方追偿项目款项。

2. 固定证据，防范恶意索赔

   • 立即收集以下证据：
     
     • 乙方与农民工的劳动合同/劳务合同、工资发放记录、考勤记录；
       
     • 乙方与甲方的项目合同、结算单、付款凭证；
       
     • 农民工向甲方索要工资的书面材料（如录音、聊天记录、书面申请）。
       
   • 若农民工已通过劳动监察或诉讼向甲方主张权利，乙方应作为第三人参与程序，或另行起诉甲方要求履行合同义务。

3. 利用合同条款反制甲方

   • 若项目合同约定“甲方未按期付款导致乙方无法支付工资的，甲方承担连带责任”，则乙方可依据该条款要求甲方直接支付工资；
     
   • 若合同无此条款，但甲方存在逾期付款、擅自变更设计等违约行为导致项目亏损，乙方可主张甲方赔偿损失，并用赔偿款支付工资。

4. 主动化解矛盾，避免行政处罚

   • 若农民工投诉至劳动监察部门，乙方应积极配合调查，说明项目亏损原因及甲方责任，避免被认定为“恶意欠薪”（可能面临行政处罚甚至刑事责任）；
     
   • 可与甲方、农民工协商达成三方协议，明确工资支付主体和期限，降低法律风险。

风险提示：

• 若乙方与农民工无书面合同，可能被认定为事实劳动关系，需承担工资支付义务；
  
• 若甲方已足额支付项目款，乙方仍拖欠工资，则乙方需自行承担责任，无法向甲方追偿；
  
• 建筑领域特殊规则：若乙方为不具备用工主体资格的组织或个人（如包工头），则发包方（甲方）可能需承担用工主体责任（《保障农民工工资支付条例》第36条）。

建议行动：

1. 立即梳理项目合同、付款记录、工资台账等证据；
   
2. 评估甲方是否存在违约行为及自身亏损原因；
   
3. 根据证据情况，选择向甲方追偿、协商解决或应对劳动监察；
   
4. 如有必要，委托律师起草法律文书或参与谈判。
   

如需进一步分析具体合同条款或证据材料，可直接向我提供详细信息。