结论前置：公司因员工拒绝加班而惩罚其不让加班，这一做法本身并不直接涉及罚款等违法处罚行为，但若公司以此为借口变相降低员工待遇或存在其他违法行为，员工有权采取措施维护自身合法权益。同时，员工在正常情况下有权拒绝不合理的加班要求。
一、员工拒绝加班的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十一条也强调，用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。
分析：
- 加班应基于生产经营需要，并经过与工会和劳动者的协商。员工因个人原因拒绝非紧急情况下的加班，是行使其合法权利，用人单位不得因此进行处罚，包括不让加班这种变相的处罚方式。
二、公司惩罚不让加班的合理性分析
加班的必要性：
- 若加班并非出于必要的工作原因，而是单位随意安排，则公司以不让加班为惩罚手段可能不合理。员工有权拒绝不合理的加班要求，且不应因此受到任何形式的惩罚。
相关约定的合法性：
- 审查劳动合同或公司规章制度中关于加班和惩罚的条款。若这些条款违反了法律法规的强制性规定（如规定员工必须加班否则将受到惩罚），则这些条款无效。公司不得依据无效条款对员工进行惩罚。
三、员工应采取的措施
与用人单位协商：
- 若公司以不让加班为惩罚手段，员工可以主动与用人单位沟通，指出这一做法的不合理性，并要求公司恢复正常的加班安排或提供其他合理的解决方案。
- 在协商过程中，员工应保留相关证据，如谈话记录、邮件往来等，以备后续维权之需。
申请劳动监察：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，提供劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据。
- 劳动监察部门有权查处用人单位的违法行为，并责令其改正。若公司确实存在违法行为，劳动监察部门将对其进行相应的处罚。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若对劳动监察部门的处理结果不满意，或用人单位拒绝履行其决定，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。
- 在仲裁或诉讼过程中，员工应充分阐述自己的观点和理由，并提供充分的证据支持自己的主张。
四、特殊情况下的加班义务
- 尽管员工在正常情况下有权拒绝不合理的加班要求，但在特定紧急或法定情形下（如发生自然灾害、事故等紧急情况，威胁人民生命健康和财产安全，需紧急处理），员工有义务配合单位的加班安排。
- 若员工无正当理由拒绝在这些特殊情况下的加班安排，用人单位可根据其规章制度进行合理合法的处理，但处理方式应符合法律规定和规章制度范围，且不得侵犯员工的合法权益。
五、总结与建议
- 员工在面临公司以不让加班为惩罚手段的情况时，应了解自己的合法权益，并积极采取措施进行维权。
- 同时，建议公司在管理过程中遵守相关法律法规，尊重员工的合法权益，避免不必要的法律纠纷。通过合法、合理的方式处理加班问题，有助于构建和谐的劳动关系，促进企业的长期发展。
最后提醒：若您在劳动关系中遇到任何问题或困惑，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。