针对“不让员工加班但员工继续加班”的情况，作为用人单位，我们需要从法律合规、沟通协商、制度优化以及激励机制等多个角度来妥善处理这一问题。以下是一些具体的建议：
一、法律合规性审查
首先，必须确保公司的加班政策符合《中华人民共和国劳动法》的相关规定。根据法律，用人单位因生产经营需要延长工作时间，需与员工及工会协商一致，且每日一般不得超过一小时；特殊情况下延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。若员工在未经协商或超出法定加班时限的情况下继续加班，公司应明确告知其加班的非法性，并要求其停止。
二、深入沟通与协商
了解原因：与员工进行一对一的沟通，了解他们继续加班的具体原因。可能是工作负荷过大、个人效率问题、或是家庭因素等。通过倾听，我们可以更准确地找到问题的根源。
协商解决方案：根据了解到的原因，与员工协商制定解决方案。例如，如果是工作负荷过大，可以考虑调整工作安排、优化工作流程或增加人手；如果是个人效率问题，可以提供培训或指导；如果是家庭因素，可以探讨弹性工作制等可能性。
三、制度优化与管理
审查并优化加班制度：检查公司现有的加班制度，确保其既符合法律要求，又能有效管理加班行为。可以考虑设置加班审批流程、明确加班补偿标准等。
实施弹性工作制：对于某些岗位或员工，可以考虑实施弹性工作制，如灵活的工作时间、远程工作等，以减少不必要的加班。
强化工作安排与监督：通过合理的工作安排和监督，确保员工在正常工作时间内完成工作任务，避免不必要的加班。
四、激励机制设计
物质激励：提供适当的加班费、调休或奖励等物质激励，但应确保这些激励措施符合法律要求，并且不会鼓励非法加班。
非物质激励：除了物质激励外，还可以考虑提供职业发展机会、培训、表彰等非物质激励，以提高员工的工作满意度和忠诚度。
五、特殊情况应对
在特殊或法定情形下（如自然灾害、事故威胁生命健康财产安全等），员工有义务服从加班安排。但在此情况下，公司应依法给予相应的加班补贴或调休安排，并向员工充分说明加班的必要性和紧迫性。
六、综合建议与后续行动
尊重员工选择：若员工确实因合理原因拒绝加班，并且没有违反公司规章制度，公司应尊重其选择，并积极寻找其他解决方案。
纪律处分作为最后手段：若员工无正当理由频繁拒绝加班且严重影响公司业务，可考虑按照公司规章制度进行纪律处分或解雇。但必须确保程序合法且已尝试所有其他可能的解决方案。
持续改进与反馈：定期收集员工对加班制度的反馈，持续改进和优化相关政策，以确保其既符合法律要求，又能满足公司和员工的需求。
综上所述，处理“不让员工加班但员工继续加班”的问题需要全面考虑多个方面，通过合理和公正的方式维护公司利益的同时，也确保员工的权益得到充分保障。