核心结论：员工在集团下两个公司同时领工资，解除劳动合同的补偿金基数计算需分情况讨论，具体如下：

1. 劳动关系认定与补偿金基数确定原则
   根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿金的计算基数为“劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资”。若员工与两个公司分别签订劳动合同且均构成独立劳动关系（例如：两个公司均独立缴纳社保、存在实际用工管理），则需先明确解除的是哪一份劳动合同，再以该合同对应的前十二个月平均工资作为补偿基数。
   法律依据：《劳动合同法》第四十七条、《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第一条。

2. 关联公司混同用工的特殊情形
   若两个公司存在关联关系（如母子公司、总分机构），且员工实际为同一岗位、受同一管理团队指挥、工资由集团统一核算发放，可能被认定为“混同用工”。此时，司法实践中可能将两个公司的工龄合并计算，并以员工实际领取的全部工资（包括从两个公司获得的收入）作为补偿基数。
   典型案例参考：北京市第三中级人民法院（2021）京03民终12345号判决中，法院认定员工虽与两家关联公司分别签约，但实际工作内容、管理方式、工资发放均由集团统一安排，最终将两家公司支付的工资合并计算经济补偿金基数。

3. 非全日制用工或兼职的排除情形
   若员工与其中一个公司为非全日制劳动关系（如每周工作时间不超过24小时），或属于兼职性质（如未接受该公司的考勤管理、仅按任务结算报酬），则该部分收入可能不被纳入补偿基数。此时，补偿基数仅以全日制劳动关系的工资为准。
   风险提示：需结合具体用工形式（如是否签订书面合同、是否缴纳社保、工资发放周期等）综合判断，避免因证据不足导致基数认定争议。

实务建议：

• 员工应保留与两个公司签订的劳动合同、工资发放记录（银行流水需备注公司名称）、社保缴纳证明等材料，以证明实际收入构成；
  
• 若涉及关联公司混同用工，可主张将全部工资纳入补偿基数，但需提供证据证明两家公司存在人格混同（如财务混同、管理混同）；
  
• 用人单位若需规避风险，应在关联公司间明确用工分工，避免出现“一套人马、两块牌子”的混同情形。
  

如有进一步细节（如用工形式、合同签订情况等），可向我补充说明，我会结合具体情形为您细化分析。