在乙方员工的工资由甲乙双方共同出资的情况下，解除劳动合同时，赔偿金的计算是基于劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而非单纯基于甲方或乙方的出资部分。以下是详细分析：

1. 经济补偿的计算基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

2. 工资构成的考量：

   • 工资构成并不影响经济补偿的计算。无论工资是由甲方单独出资、乙方单独出资，还是甲乙双方共同出资，经济补偿的计算都是基于劳动者实际获得的工资总额，即劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

3. 特殊情况的说明：

   • 如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。但这一特殊规定并不改变经济补偿计算的基础，即仍然是基于劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

4. 实际操作建议：

   • 在计算经济补偿时，用人单位应准确统计劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的工资总额，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币性收入，然后除以十二个月，得出平均工资，再根据工作年限计算经济补偿。
   • 如果甲乙双方对工资出资有特别约定，且该约定影响了劳动者的实际工资水平，那么这种约定在计算经济补偿时并不具有直接的法律效力。经济补偿的计算仍然应基于劳动者实际获得的工资总额。

总结来说，解除劳动合同时的赔偿金计算，是基于劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，不受工资出资方的影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。