在解答您关于两个公司发放工资，在解除劳动合同时经济补偿金如何计算的问题时，我们首先要明确的是，经济补偿金的计算主要基于劳动者在本单位的工作年限以及月工资标准，而与工资由几个公司发放无直接关系（除非这些公司构成关联企业且劳动者的劳动关系可视为连续在这些关联企业间流转，但这种情况较为复杂且需具体法律认定，此处我们按一般情况处理）。

经济补偿金的基本计算原则

经济补偿金是劳动合同解除或终止后，用人单位依法一次性支付给劳动者的经济补助。其计算主要遵循以下原则：

1. 工作年限：按劳动者在本单位工作的年数计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

2. 月工资标准：指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若劳动者工作不满十二个月，则按实际工作的月数计算平均工资。月工资包括计时工资或计件工资，以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

特殊情况下的月工资标准

• 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，则按三倍数额封顶计算，且补偿年限最高不超过十二年。

经济补偿金的计算公式

经济补偿金 = 工作年限 × 月工资标准

示例说明

假设您在两个公司工作，但实际上是连续在同一岗位或同一业务体系下工作，且这两个公司可以视为一个整体（即不存在真正的劳动关系中断或转移），那么您的工作年限应连续计算。例如：

• 您在A公司工作了3年，然后在B公司（与A公司无关联，但为简化说明，我们假设您的工作是连续的，实际上需根据具体情况判断）又工作了2年，且离职前12个月的平均工资为8000元。
• 若这两个公司的工作可视为连续，则您的工作年限为5年。
• 经济补偿金 = 5年 × 8000元/年 = 40000元。

但重要的是：如果两个公司是完全独立的，且您的劳动关系在两家公司之间有明确的中断或转移，那么您需要分别计算在每家公司的经济补偿金（如果符合支付条件的话），然后根据实际情况（如是否选择继续履行合同、是否主张赔偿金等）来确定最终应获得的经济补偿或赔偿。

注意事项

• 如果用人单位违法解除劳动合同，您有权主张赔偿金，赔偿金为经济补偿金的两倍。
• 在处理劳动合同解除事宜时，应首先明确解除的性质（合法或违法），再据此确定应支付的是经济补偿金还是赔偿金。
• 具体计算时，还需考虑地方规定和特殊情况（如非正常工作状态下的工资计算等）。

综上所述，经济补偿金的计算主要基于您在本单位（或视为连续工作的整体单位）的工作年限和月工资标准。如果涉及多个公司且劳动关系有中断或转移，情况会更为复杂，建议咨询专业律师或劳动仲裁机构以获取准确指导。