员工离职时经济补偿金的计算基数，原则上应以其离职前十二个月的平均工资为准；若工资分两个公司发放，需结合实际情况判断是否属于关联企业、工资发放是否合理合法，进而确定计算基数。具体分析如下：
一般情况下的计算基数
根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，包括计时工资、计金、奖金、津贴和补贴等货币性收入。若工资分两个公司发放，但劳动者与其中一个公司签订劳动合同、建立劳动关系，则通常以该公司的工资发放记录为准计算平均工资。
关联企业情形下的计算基数
若两个公司存在关联关系（如母子公司、总分机构等），且工资发放属于公司内部安排（如集团内部调岗、薪酬拆分等），劳动者可主张将两个公司发放的工资合并计算平均工资。此时需提供证据证明两家公司存在关联关系及工资发放的关联性（如工资条、银行流水、公司文件等），以争取更高的经济补偿金。
违法拆分工资的情形
若公司为规避法律义务（如减少经济补偿金、逃避社保缴费等），故意将工资拆分至两个公司发放，可能被认定为违法行为。此时劳动者可主张以实际应得工资（即两个公司发放的工资总和）作为计算基数，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补足差额并承担法律责任。
建议：若遇到此类情况，建议劳动者保留好工资条、银行流水、劳动合同等证据，以便在离职时主张权益。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为你提供详细解答。