核心结论：工资由三个公司分别发放时，赔偿金的计算需先确定劳动关系归属，再根据具体情况计算赔偿金基数，最后结合法定标准得出最终赔偿金额。以下分情况详细说明：

1. 劳动关系归属明确的情况
   若劳动者与其中一家公司签订劳动合同，其他两家公司仅为代发工资或关联企业（如集团内部调岗、借调等），则劳动关系仍归属于签订合同的公司。此时赔偿金计算以该公司的工资发放记录为准，需将三家公司发放的工资合并计算作为“月工资”基数。例如：劳动者与A公司签合同，但工资由A、B、C三家公司分别发放，则赔偿金基数为三家公司发放工资的总和。
   法律依据：根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准计算，月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若工资由多家公司发放但劳动关系明确，需合并计算。

2. 劳动关系归属不明确的情况
   若劳动者未与任何一家公司签订书面劳动合同，或三家公司均主张与劳动者无劳动关系（如虚假外包、关联企业混同用工等），则需通过仲裁或诉讼确认劳动关系归属。此时赔偿金计算需以最终认定的“用人单位”为责任主体，工资基数仍以实际发放总额为准。例如：三家公司通过复杂流程发放工资且未签合同，劳动者需先通过法律程序确认劳动关系，再计算赔偿金。
   风险提示：若无法证明劳动关系，劳动者可能面临赔偿金无法主张的风险，需重点收集工资发放记录、工作证、考勤记录等证据。

3. 特殊情形：非全日制用工或劳务关系
   若劳动者与三家公司均为非全日制用工（每日工作时间不超过4小时，每周累计不超过24小时），或属于劳务关系（如退休返聘、兼职等），则不适用《劳动合同法》中的经济补偿规定，赔偿金计算需依据双方约定或《民法典》中关于劳务合同的规定处理。例如：劳动者与三家公司均为兼职关系，则解除合作时无经济补偿，但可主张实际损失赔偿。
   关键区别：劳动关系受《劳动合同法》保护，劳务关系则适用普通民事法律，权利义务差异显著。

行动建议：

1. 立即整理所有工资发放记录（银行流水、转账备注等）、劳动合同、工作证明等材料；
   
2. 确认与三家公司的实际用工关系（如是否签合同、是否接受管理、是否为全职等）；
   
3. 若涉及复杂情况（如关联企业混同用工），建议优先通过劳动仲裁确认劳动关系，再主张赔偿金。
   

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