关联企业员工两边发工资补偿的计算，需依据具体情形确定是否属于重复用工以及工资和补偿的支付主体，进而计算相应的补偿金额。

一. 重复用工的情形

1. 定义：根据劳动和社会保障部《关于实施〈工伤保险条例〉若干问题的意见》第一条规定：“职工在两个或两个以上用人单位同时就业的，各用人单位应当分别为其缴纳工伤保险费。职工发生工伤，由职工受到伤害时其工作的单位依法承担工伤保险责任。”这表明，在重复用工的情况下，员工可以同时从多个关联企业获得工资，且工伤补偿由受伤时工作的单位承担。
2. 补偿计算：在此情形下，若员工因工伤或其他原因需要补偿，应首先确定员工受伤或需要补偿时具体在哪个单位工作，由该单位依据相关法律法规（如《工伤保险条例》）计算并支付补偿金。补偿金通常包括医疗费、康复费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等，具体计算方式依据员工伤残等级、工资水平等因素确定。

二. 非重复用工但存在关联企业的情形

1. 工资支付：若员工虽在关联企业间工作，但并非同时就业（即非重复用工），则工资和补偿应由实际用工的单位支付。员工在关联企业间的工资总额，应为其在各企业所得工资之和。
2. 补偿计算：在此情形下，若员工需要补偿（如因解除劳动关系、工伤等），应依据实际用工单位的法律法规和劳动合同约定进行计算。例如，若因解除劳动关系需要支付经济补偿金，则应根据员工在该单位的工龄、月工资等因素，按照《劳动合同法》第四十七条的规定计算。

我建议，在计算关联企业员工两边发工资的补偿时，应首先明确员工的用工性质（是否重复用工）以及工资和补偿的支付主体。然后，根据相关法律法规和劳动合同约定，结合员工的具体情况（如伤残等级、工龄、月工资等），进行详细的计算。如有进一步需要，您可以继续咨询我。