核心结论：经济补偿的计算需根据两份合同的实际履行情况、劳动关系归属及法律适用综合判定，具体分以下情形处理：
1. 若两份合同均实际履行，但劳动关系仅归属于其中一家公司
- 法律逻辑：根据《劳动合同法》及司法实践，劳动者与用人单位建立劳动关系需满足“实际用工”要件。若两份合同中仅一家公司实际安排工作、支付工资、缴纳社保，则劳动关系仅归属于该家公司，经济补偿按该公司的实际工作年限计算。
- 举例：A公司签合同但未实际用工，B公司实际用工并支付工资，则经济补偿由B公司按B公司处的工作年限支付。
- 关键证据：需提供工资流水、社保记录、考勤记录、工作证等证明实际用工关系的材料。
2. 若两份合同均实际履行，且劳动关系被认定为“关联用工”或“混同用工”
- 法律逻辑：若两家公司存在关联关系（如母子公司、兄弟公司），且劳动者同时为两家公司提供劳动、接受两家公司管理，可能被认定为“关联用工”或“混同用工”。此时，经济补偿可能由两家公司连带承担，工作年限合并计算。
- 法律依据：部分地方司法文件（如《江苏省劳动人事争议疑难问题研讨会纪要》）明确，关联企业混同用工的，劳动者可要求将工作年限合并计算。
- 例外：若能证明两家公司独立用工且无混同，则可能按各自合同期限分别计算补偿。
3. 若两份合同中仅一份有效，另一份被认定无效或未履行
- 法律逻辑：若其中一份合同因未实际履行（如未提供劳动条件、未支付工资）或违反法律强制性规定（如未签书面合同）被认定无效，则经济补偿仅按有效合同对应的工作年限计算。
- 举例：A公司合同未实际履行，B公司合同有效且实际用工，则经济补偿由B公司按B公司处的工作年限支付。
4. 若两份合同涉及“非全日制用工”与“全日制用工”混同
- 法律逻辑：非全日制用工（每日不超过4小时、每周不超过24小时）与全日制用工的经济补偿规则不同。若劳动者同时与两家公司签订非全日制合同，则无经济补偿；若其中一份为全日制合同，则按全日制合同的工作年限计算补偿。
- 关键点：需区分用工性质，提供考勤记录证明工作时间。
操作建议
- 固定证据：收集工资流水、社保记录、考勤记录、工作证、劳动合同等材料，证明实际用工关系。
- 协商优先：与两家公司协商确定补偿方案，明确工作年限合并或分割。
- 仲裁/诉讼：若协商不成，可向劳动仲裁委申请仲裁，主张经济补偿；对仲裁结果不服的，可向法院起诉。
提示：经济补偿的计算需结合具体证据和地方司法实践，建议根据实际情况进一步分析。如有疑问，可直接向我提问。