结论：工厂设置三天试用期并在第二天以不合格为由辞退员工的行为，可能涉及违法用工，员工有权依法维权。以下从法律角度详细分析：
一、法律对试用期的规定
试用期时长限制：
- 根据《劳动合同法》第十九条，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
- 三天试用期：若劳动合同期限较短（如不满三个月），则设置三天试用期可能合法；但若劳动合同期限较长，则三天试用期可能违法，因为未达到法律规定的最低试用期时长（如一个月）。
试用期解除合同的条件：
- 根据《劳动合同法》第二十一条，在试用期中，除劳动者有本法第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形外，用人单位不得解除劳动合同。用人单位在试用期解除劳动合同的，应当向劳动者说明理由。
- “不合格”的合法性：若工厂仅以“不合格”为由辞退员工，而未提供具体、客观的证据（如考核标准、考核结果等），则可能构成违法解除劳动合同。
二、工厂行为的合法性分析
违法设置试用期：
- 若工厂设置的试用期时长超过法律规定的上限，则属于违法设置试用期。员工有权要求工厂按照正式员工的标准支付工资，并可能要求工厂支付赔偿金。
违法解除劳动合同：
- 若工厂在试用期内以“不合格”为由辞退员工，但未提供充分证据证明员工不符合录用条件，则可能构成违法解除劳动合同。员工有权要求工厂继续履行劳动合同（如恢复劳动关系）或支付赔偿金（如双倍经济补偿金）。
三、员工维权建议
收集证据：
- 员工应保留与工厂签订的劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等证据，以证明与工厂存在劳动关系及试用期时长。
- 若工厂以“不合格”为由辞退员工，员工应要求工厂提供具体的考核标准、考核结果等证据。
协商解决：
- 员工可尝试与工厂协商解决纠纷，如要求工厂支付违法解除劳动合同的赔偿金或继续履行劳动合同。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，员工可向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求工厂承担违法用工的法律责任。
四、特殊情况说明
- 非全日制用工：若员工与工厂之间属于非全日制用工关系（如每日工作时间不超过四小时、每周工作时间累计不超过二十四小时），则不适用《劳动合同法》关于试用期的规定。但非全日制用工关系下，工厂仍需按照法律规定支付劳动报酬，并不得随意解除劳动合同。
总结：工厂设置三天试用期并在第二天以不合格为由辞退员工的行为，可能涉及违法用工。员工应收集证据、协商解决或申请劳动仲裁以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。