结论：公司以三天旷工为由扣除工资是否合法，需分情况讨论，关键在于公司的规章制度是否合法有效以及员工是否存在旷工事实。
分析如下：
公司规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权制定内部规章制度，但这些规章制度必须合法、合理，并且经过民主程序制定，向劳动者公示或告知。如果公司的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，并且该制度已经向员工公示或告知，那么该制度在合法范围内是有效的。
- 若公司规章制度不合法或未公示：如果公司的规章制度没有经过民主程序制定，或者未向员工公示或告知，那么该制度对员工不具有约束力。此时，公司以三天旷工为由扣除工资的行为可能构成违法。
旷工事实的认定：
- 旷工是指员工无正当理由未到岗工作。如果员工确实存在旷工行为，并且公司能够提供充分的证据证明这一点（如考勤记录、监控录像等），那么公司有权根据规章制度对员工进行处罚。
- 若不存在旷工事实：如果员工并未旷工，或者公司无法提供充分证据证明员工旷工，那么公司以三天旷工为由扣除工资的行为就是违法的。
扣除工资的合法性：
- 即使员工存在旷工行为，公司扣除工资也必须遵守法律规定。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，公司不能随意扣除员工的工资，必须按照规章制度或劳动合同中的约定进行扣除。
- 扣除工资的限制：即使因员工旷工需要扣除工资，公司也需遵守法律规定，如每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。如果公司扣除的工资超过了这些限制，那么其行为就是违法的。
建议：
- 对于员工：如果你认为公司扣除工资的行为违法，你可以先与公司进行协商，要求公司提供扣除工资的合法依据。如果协商无果，你可以向当地的劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 对于公司：公司应确保内部规章制度的合法性和合理性，并且向员工公示或告知。在扣除员工工资时，必须遵守法律规定和规章制度中的约定，确保扣除的合法性和合理性。
可能后果：
- 如果公司行为违法：公司可能面临劳动行政部门的责令支付工资报酬、经济补偿，并可能被责令支付赔偿金等法律后果。
- 如果员工行为违法（如恶意旷工）：员工可能面临公司的纪律处分，甚至被解除劳动合同等后果。但即便如此，公司扣除工资也需遵守法律规定。
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