结论：员工未打卡按旷工处理并扣三天工资是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、员工未打卡是否构成旷工以及扣工资的合法性等。以下从多个角度进行分析：
一、公司规章制度是否合法
规章制度制定程序：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度未经上述程序制定，可能被视为违法，进而影响对员工未打卡处理的合法性。
规章制度内容合法性：
- 规章制度内容不得违反法律、行政法规及政策规定，不得侵犯劳动者合法权益。
- 若规章制度中规定“员工未打卡即按旷工处理并扣三天工资”过于严苛，且未考虑员工未打卡的合理原因（如设备故障、忘记打卡等），可能被视为违法。
二、员工未打卡是否构成旷工
旷工定义：
- 旷工通常指员工无正当理由未到岗工作。
- 员工未打卡并不直接等同于旷工，需结合实际情况判断。如员工实际到岗但未打卡，或有合理原因未打卡，则不应视为旷工。
举证责任：
- 若公司主张员工未打卡构成旷工，需承担举证责任，证明员工未到岗工作。
- 员工亦可提供证据证明自己实际到岗或存在合理原因未打卡。
三、扣工资的合法性
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 若员工未打卡并未给公司造成经济损失，或经济损失未达到需扣除三天工资的程度，则公司扣除三天工资可能违法。
扣工资的合理性：
- 即使员工未打卡构成旷工，公司扣除工资也应合理，不得过度惩罚。
- 扣除三天工资可能被视为过度惩罚，尤其是当员工未打卡并非故意或恶意时。
四、建议与措施
公司层面：
- 完善规章制度，明确未打卡的处理流程，确保规章制度合法、合理。
- 在处理员工未打卡问题时，应充分考虑员工实际情况，避免过度惩罚。
- 加强与员工的沟通，提高员工对打卡制度的认识和理解。
员工层面：
- 遵守公司规章制度，按时打卡。
- 如因特殊原因未打卡，应及时向公司说明情况并提供证明。
- 如认为公司处理不当，可与公司协商或向劳动监察部门投诉。
总结：员工未打卡按旷工处理并扣三天工资是否合法，需根据具体情况判断。公司应确保规章制度合法、合理，并在处理员工未打卡问题时充分考虑员工实际情况。员工亦应遵守公司规章制度，如有问题及时与公司沟通。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。