针对您提出的“公司协商把社保及经济补偿包含在内去做公证是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，用人单位为劳动者缴纳社会保险是法定义务，这一义务并不因双方的协商一致而免除。社会保险制度是国家为了保障劳动者在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助而建立的，具有强制性。因此，任何试图通过协商来规避这一法定义务的行为都是不合法的。

接下来，我们分析您提到的“公司协商把社保及经济补偿包含在内去做公证”的情况。这种做法实际上是在尝试通过公证的形式来确认一种双方之间的约定，即公司不直接为劳动者缴纳社会保险，而是以经济补偿的形式进行替代。然而，如前所述，这种约定是违反法律规定的，因为社会保险的缴纳是法定义务，不能通过协商来免除或替代。

进一步地，如果公司已经按照这种约定进行了经济补偿，但后续又为劳动者补缴了社会保险，那么劳动者实际上就获得了双重利益：既收取了公司的社保补助，又享受了公司缴纳的社会保险。这种情况下，根据公平原则和法律规定，劳动者应当将公司已给付的社保补助予以返还。这一点在《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(二)》第十九条中也有明确规定。

至于公证本身，虽然公证是一种具有法律效力的证明行为，但它并不能改变法律规定的义务和权利。因此，即使双方将这种不合法的约定进行了公证，该公证也是无效的，不能作为免除公司缴纳社会保险义务的依据。

综上所述，公司协商把社保及经济补偿包含在内去做公证是不合法的。公司应当依法为劳动者缴纳社会保险，不能通过协商或公证的方式来规避这一法定义务。如果公司已经进行了这样的约定或公证，建议双方及时协商解决，确保劳动者的合法权益得到保障。