劳动纠纷中，经双方协商达成的补偿协议，在符合法律规定的情况下是合法的。以下从多个角度为你详细分析：
合法性基础
意思自治原则：
- 劳动纠纷双方作为平等的民事主体，有权在自愿、公平、诚实信用的基础上，就纠纷的解决方式、补偿金额等事项进行协商，并达成协议。这种协商过程体现了民事法律关系中的意思自治原则。
法律规定支持：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，劳动纠纷双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。其中，协商是双方自行解决纠纷的一种方式，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，且不损害国家、集体或第三人的利益，就是合法有效的。
合法性条件
双方自愿：
- 协商过程必须基于双方的自愿，任何一方不得强迫或胁迫对方接受不合理的补偿条件。如果一方在协商过程中存在欺诈、胁迫等行为，导致协议显失公平，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。
内容合法：
- 补偿协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，补偿金额不得低于法定最低标准，补偿方式不得违反公序良俗等。
程序合法：
- 虽然协商过程本身不要求严格的程序，但双方应当确保协商过程的公开、透明，并保留好相关证据，如协商记录、签字确认的补偿协议等，以备后续可能出现的争议。
注意事项
明确补偿范围：
- 在协商过程中，双方应当明确补偿的范围，包括但不限于工资、加班费、经济补偿金、赔偿金等。避免因补偿范围不明确而导致后续争议。
书面协议：
- 为了确保协商结果的合法性和有效性，建议双方将协商结果以书面形式固定下来，并签字确认。书面协议可以作为后续争议解决的依据。
法律审查：
- 如果条件允许，双方可以在协商过程中或协商完成后，寻求专业律师的法律审查，以确保补偿协议的合法性和有效性。
法律后果
- 如果双方达成的补偿协议符合上述合法性条件，那么该协议具有法律效力，双方应当按照协议约定履行各自的义务。如果一方违反协议约定，另一方有权依法追究其法律责任。
- 如果补偿协议存在违法情形或显失公平，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。此时，双方可以重新协商或寻求其他纠纷解决方式。
建议：在劳动纠纷中，双方协商补偿是一种合法且有效的纠纷解决方式。但为了确保协商结果的合法性和有效性，建议双方在协商过程中保持谨慎和理性，明确补偿范围、签订书面协议，并在必要时寻求专业律师的法律审查。如果你在劳动纠纷协商过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。