结论前置：约定经济补偿金包括公司应承担的社保部分，这种约定在法律上存在一定争议，一般情况下不合法，但在特定情形下可能被认可。以下分情况详细说明：
- 从法律规定角度分析
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。这表明，社保费用是法定的、独立的费用项目，用人单位有法定的缴纳义务，不能通过约定将其转嫁给劳动者或者包含在经济补偿金中。
- 经济补偿金是用人单位在与劳动者解除或终止劳动合同时，按照法律规定给予劳动者的一次性经济补偿，其计算基数通常是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这里的工资一般不包括社保费用。所以，从法律条文的直接规定和立法本意来看，将公司应承担的社保包含在经济补偿金中的约定是不合法的。
- 从双方自愿协商且不损害第三方利益角度分析
- 如果用人单位和劳动者双方在平等、自愿、协商一致的基础上，达成将公司应承担的社保部分包含在经济补偿金中的约定，并且这种约定没有损害国家、集体或者第三人的利益，在某些情况下可能会被认可。例如，劳动者明确表示愿意放弃公司为其缴纳社保，而将这部分费用以经济补偿金的形式一次性获取，同时劳动者也清楚这种做法可能带来的风险（如无法享受社保待遇等），并且双方签订了书面协议。但需要注意的是，这种约定仍然存在较大的法律风险，因为社保缴纳是法定义务，不能因为双方的约定而免除。一旦劳动者事后反悔或者向相关部门投诉，用人单位可能仍然需要承担补缴社保等法律责任。
- 从实际操作和司法实践角度分析
- 在司法实践中，对于这种约定的合法性认定通常比较严格。法院在审理相关案件时，会优先考虑保护劳动者的合法权益，维护社会保险制度的正常运行。如果用人单位和劳动者约定经济补偿金包括公司应承担的社保部分，法院一般会认定该约定无效，用人单位仍然需要按照法律规定为劳动者补缴社保费用，同时经济补偿金的计算也会按照法定标准进行，不会因为该约定而减少用人单位应承担的经济补偿责任。