结论：公司合同中注明员工不配合社保，公司可以解除合同并不赔偿经济补偿金的条款，在大多数情况下是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：

1. 社保缴纳的强制性：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这是法定的义务，不能通过合同约定来免除或规避。
   • 因此，即使合同中注明了员工不配合社保的条款，该条款也是无效的，因为它违反了法律的强制性规定。

2. 解除合同的合法性：

   • 如果员工确实存在不配合社保缴纳的行为，公司不能直接依据合同中的该条款解除合同。公司应当首先通过沟通、教育等方式引导员工配合社保缴纳。
   • 如果员工仍然拒绝配合，公司可以依据相关法律法规（如《劳动合同法》中关于劳动者严重违反用人单位规章制度的条款）来解除合同，但需要确保解除合同的程序合法，且员工的行为确实构成了严重违反规章制度。

3. 经济补偿金的支付：

   • 根据《劳动合同法》的规定，除非员工存在过错（如严重违反规章制度、被依法追究刑事责任等），否则公司在解除劳动合同时应当支付经济补偿金。
   • 在员工不配合社保缴纳的情况下，如果公司不能证明员工的行为构成了严重违反规章制度，那么公司解除合同后仍然需要支付经济补偿金。

4. 合同条款的效力：

   • 合同中的条款必须合法、合规才具有法律效力。如果合同中的条款违反了法律的强制性规定或公序良俗，那么该条款是无效的。
   • 因此，公司合同中注明员工不配合社保可以解除合同并不赔偿经济补偿金的条款，由于违反了法律的强制性规定，是无效的。

建议：

• 公司应当加强与员工的沟通，明确社保缴纳的重要性，引导员工积极配合社保缴纳。
• 如果员工确实存在不配合社保缴纳的行为，公司应当通过合法途径来解决问题，如与员工协商、向劳动监察部门投诉等。
• 在制定或修改合同时，公司应当确保合同条款的合法性和合规性，避免因为合同条款无效而引发法律纠纷。

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