结论：企业与员工协商解除劳动合同，不支付经济补偿金而仅协助办理失业金，这一做法是否合法，需分情况讨论。
1. 协商解除劳动合同与经济补偿金
根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿金，除非双方另有约定且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定。经济补偿金是用人单位在解除或终止劳动合同时，对劳动者因劳动关系终止而可能遭受的损失给予的补偿。
若双方协商一致且明确约定不支付经济补偿金：
- 在这种情况下，如果劳动者明确表示放弃经济补偿金，并且这一放弃是出于自愿、真实的意思表示，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该约定可能是有效的。但需要注意的是，劳动者作为相对弱势方，其放弃经济补偿金的决定应当被谨慎对待，法院或仲裁机构在审查时可能会更加严格，以确保劳动者的权益不受侵害。
- 例外情况：如果劳动者属于法律规定的特定情形（如因用人单位的违法行为导致劳动合同解除等），则即使双方约定不支付经济补偿金，该约定也可能因违反法律强制性规定而无效。
若双方未明确约定或约定不明确：
- 在这种情况下，用人单位应当依法支付经济补偿金。如果用人单位仅协助办理失业金而不支付经济补偿金，则可能构成违法解除劳动合同，劳动者有权要求用人单位支付经济补偿金，并可能要求用人单位承担其他法律责任（如赔偿金等）。
2. 协助办理失业金与经济补偿金的关系
协助办理失业金是用人单位在解除或终止劳动合同时的一项法定义务，旨在保障劳动者在失业期间的基本生活需要。然而，这一义务与支付经济补偿金是两个独立的法律义务，不能相互替代或抵消。
3. 法律建议
对于劳动者：
- 在与用人单位协商解除劳动合同时，应明确了解自己的权益和义务，特别是关于经济补偿金的支付问题。
- 如果用人单位提出不支付经济补偿金而仅协助办理失业金，劳动者应谨慎考虑并咨询专业律师的意见，以确保自己的权益不受侵害。
对于用人单位：
- 在与劳动者协商解除劳动合同时，应依法履行支付经济补偿金的义务，避免因此引发劳动争议和法律风险。
- 如果确实需要与劳动者约定不支付经济补偿金，应确保该约定是出于双方自愿、真实的意思表示，并且不违反法律、行政法规的强制性规定。
4. 可能的法律后果
如果用人单位未依法支付经济补偿金：
- 劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付经济补偿金及可能产生的赔偿金等。
- 用人单位还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款等。
如果双方约定不支付经济补偿金但被认定为无效：
- 用人单位仍需依法支付经济补偿金，并可能因违反法律规定而承担其他法律责任。
总之，企业与员工协商解除劳动合同不支付经济补偿金而仅协助办理失业金是否合法，需根据双方的具体约定和法律规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。