结论前置：公司把应缴纳的社会保险等费用从员工工资里扣除，这一行为是否违法，需分情况讨论。一般来说，若扣除的是员工个人应承担的社会保险部分，且扣除后工资不低于当地最低工资标准，则不违法；若扣除的是公司应承担的社会保险部分，或者扣除后工资低于当地最低工资标准，则属于违法行为。

详细分析：

1. 社会保险费用的承担原则：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，社会保险费用由用人单位和劳动者共同承担。其中，用人单位承担的部分应由用人单位自行缴纳，不得转嫁到劳动者身上；劳动者承担的部分，则由用人单位从劳动者工资中代扣代缴。

2. 合法扣除的情况：

   • 如果公司扣除的是员工个人应承担的社会保险部分（如养老保险、医疗保险、失业保险的个人缴费部分），并且扣除后的工资不低于当地最低工资标准，那么这种扣除是合法的。因为这是员工应尽的法定义务，公司只是代为扣缴。

3. 违法扣除的情况：

   • 扣除公司应承担部分：如果公司扣除的是本应由公司承担的社会保险部分（如养老保险、医疗保险、失业保险的单位缴费部分），或者将这部分费用也转嫁到员工身上，那么这种扣除就是违法的。因为公司有义务自行承担这部分费用，不得要求员工承担。
   • 扣除后工资低于最低工资标准：即使扣除的是员工个人应承担的社会保险部分，但如果扣除后的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除也是违法的。因为根据法律规定，用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

4. 法律后果与建议：

   • 法律后果：如果公司存在违法扣除社会保险费用的情况，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求公司补缴社会保险费用并支付相应的经济补偿。同时，公司还可能面临劳动行政部门的处罚。
   • 建议：对于劳动者来说，如果发现公司存在违法扣除社会保险费用的情况，应及时与公司沟通协商，要求公司纠正违法行为。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

举例说明： 假设某员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。如果公司扣除该员工个人应承担的社会保险费用500元后，实际支付工资4500元，且这500元仅为员工个人应承担的部分，那么这种扣除是合法的。但如果公司额外扣除了本应由公司承担的社会保险费用500元，导致员工实际收到工资仅为4000元，或者即使只扣除员工个人部分但扣除后工资低于2000元，那么这种扣除就是违法的。

进一步思考： 在实际操作中，劳动者应保留好工资条、社保缴费记录等相关证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。同时，劳动者也应了解自己的社会保险缴费情况，确保公司按照法律规定为自己缴纳社会保险费用。如果有任何疑问或发现公司存在违法行为，应及时向专业律师或劳动监察部门咨询并寻求帮助。

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