结论：公司罚款从工资中扣除是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 公司无权自行设定罚款制度
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位并非行政执法机关，无权对劳动者设定罚款条款。若公司以“违反规章制度”为由直接扣减工资，需满足以下条件：

   • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）；
     
   • 规章制度内容需合法合理（如罚款金额不得超过月工资的20%，且不得低于当地最低工资标准）；
     
   • 需向劳动者公示或告知（如通过培训、签字确认等方式）。
     若公司未满足上述条件，罚款行为可能被认定为违法。

2. 合法扣减工资的情形
   即使公司规章制度合法，扣减工资也需符合法定情形，例如：

   • 劳动者造成经济损失：若因劳动者故意或重大过失导致公司损失，公司可要求赔偿，但每月扣减部分不得超过当月工资的20%，且扣减后工资不得低于最低工资标准（《工资支付暂行规定》第16条）；
     
   • 法定代扣项目：如个人所得税、社保个人缴纳部分、法院判决的抚养费等（《工资支付暂行规定》第15条）。
     若公司以“罚款”名义扣减工资，但实际不符合上述情形，仍属违法。

3. 劳动者如何维权

   • 与公司协商：要求公司出具书面罚款依据及扣减明细；
     
   • 向劳动监察部门投诉：若公司拒不改正，可向当地劳动保障监察大队举报；
     
   • 申请劳动仲裁：主张公司补发被扣工资，并可要求支付经济补偿金（如因罚款导致被迫离职）。
     

建议：若您遇到公司随意罚款的情况，可先核对公司规章制度是否合法公示，并保留工资条、罚款通知等证据。如有疑问，可直接向我咨询具体应对方案。