工厂罚钱从工资里扣是否合法，需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
法律未赋予企业罚款权：
- 在我国，除具有行政处罚权的行政机关外，企业作为民事主体，并不具备法定的罚款权。因此，工厂不能仅凭自身制定的规则随意对员工进行罚款并扣除工资。若工厂未遵循法律规定和程序，擅自罚款并扣款，则这一行为是不合法的。
违反合同约定或规章制度制定程序不合法：
- 劳动合同中若未明确约定工厂有权因某些情况对员工进行罚款，则工厂自行罚款是不合法的。合同应仅规定工作内容、工作时间、工资待遇等基本条款，若未涉及罚款事宜，工厂不得擅自罚款。
- 企业的规章制度必须遵循民主程序制定，并向劳动者公示。若工厂的罚款制度未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商确定，或制定后未向员工公示，则以此为依据的罚款行为同样不合法。
未遵循法律程序：
- 工厂在罚款前，应告知员工被罚款的原因、数额，并给予员工申辩的机会。若工厂未履行这些程序就直接扣款，则罚款行为不合法。
罚款理由不充分、不合理：
- 即使工厂有规章制度，但罚款理由不充分、不合理（如因轻微过失而进行过重罚款），这种罚款扣工资行为也可能被认定为不合法。
二、合法的情况
- 赔偿经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失。此时，经济损失的赔偿可从劳动者工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，员工因操作失误导致设备损坏，工厂可依据劳动合同约定，从员工工资中合理扣除维修费用。
三、员工权益保护
- 协商沟通：若员工认为工厂的罚款行为不合法，首先可与工厂协商解决，要求解释罚款扣工资的理由和依据，寻求双方都能接受的解决方案。
- 投诉举报：若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉举报工厂的违法行为，请求介入调查并处理。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，员工还可向当地劳动仲裁机构申请仲裁，或向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保留相关证据以证明自己的主张，如工资条、罚款通知、劳动合同等。
总结：工厂对员工进行罚款并从工资中扣除的合法性取决于多个因素，包括是否有合法罚款权、是否遵循法律规定和程序、罚款理由是否充分合理以及罚款数额是否合理等。员工在面对此类情况时，应了解自己的权益，并采取适当措施保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。