工厂扣工资是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 合法扣工资的情形：

   • 法定扣减：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，若员工因疏忽导致工厂损失1000元，且合同中有相关约定，工厂可从其当月工资中扣除最多200元作为赔偿。
   • 法定代扣：根据相关法律法规，用人单位可以代扣劳动者工资的情形包括：代扣代缴个人所得税；代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

2. 非法扣工资的情形：

   • 无合法理由扣减：如果工厂没有合法理由，如未与员工协商一致或未按照法定程序，就随意扣减员工工资，这是不合法的。例如，工厂以“员工表现不佳”为由，未经任何程序就直接扣减工资，这种行为是违法的。
   • 扣减比例超标：即使因员工原因造成损失，工厂扣减工资的比例也不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若工厂扣减比例超过此标准，则属于非法扣减。
   • 违反法定代扣范围：工厂不得擅自扩大法定代扣范围，如将非法定应扣费用从员工工资中扣除。

法律建议：

• 如果您认为工厂扣减工资的行为不合法，首先应当与工厂进行沟通，了解扣减的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政救济。
• 您也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果工厂非法扣减工资，除了需要补发被扣减的工资外，还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款等。
• 对于员工而言，如果通过法律途径维权成功，除了获得应得的工资外，还可能获得一定的经济补偿或赔偿。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。