厂里扣员工工资是否合法，需根据具体情况及法律法规来判断。以下是对这一问题的详细分析：
合法的扣工资情形
代扣代缴：
- 工厂可依法从员工工资中代扣代缴个人所得税、社会保险费用（员工个人负担部分）、法院判决或裁定要求的抚养费或赡养费等。例如，按照税务部门要求代扣员工的个人所得税是合法的。
员工过错导致经济损失：
- 如果员工因故意或重大过失给工厂造成经济损失，工厂可以要求员工赔偿，并从工资中扣除相应款项。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违反劳动纪律：
- 若工厂依法制定的规章制度中明确规定了旷工、迟到早退等违反劳动纪律的行为可以扣工资，并且该规章制度已经向员工公示或告知，那么按规定扣工资是合法的。例如，规章制度规定旷工一天扣当日双倍工资，且该制度经职工代表大会讨论通过并公示。
员工绩效不达标：
- 绩效工资作为浮动工资部分，如果员工绩效未达标，公司可以通过绩效考核减少其绩效工资。
不合法的扣工资情形
无正当理由扣工资：
- 工厂没有合法依据，随意克扣员工工资，如以莫须有的理由或未经法定程序制定扣工资规定就执行扣工资行为，是违法的。例如，因管理者个人喜好或随意设定的不合理“规定”扣工资。
违反劳动合同约定：
- 当劳动合同明确约定了工资数额、支付方式及扣除情形等内容时，工厂未经员工同意擅自超出合同约定范围扣工资是不合法的。例如，合同约定每月工资5000元，并无关于迟到扣工资的条款，工厂却以迟到为由扣工资。
违反法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。工厂若违反这些规定，扣工资行为即属违法。
员工维权途径
面对不合法的扣工资行为，员工可以采取以下措施维护自己的权益：
与工厂协商：
- 首先尝试与工厂沟通协商，要求说明扣工资的依据并纠正不合理行为。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权责令工厂改正并处以罚款。
申请劳动仲裁：
- 员工也有权直接申请劳动仲裁，要求工厂返还不合理扣款并支付经济补偿等。
总结与建议：
判断厂里扣员工工资是否合法，需综合考虑具体情况及相关法律法规。员工应了解自己的权益和维权途径，在面临扣工资问题时能够采取适当的措施来保护自己的合法权益。若遇到复杂的法律问题或不确定如何处理时，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。