结论：借公司钱从工资扣是否合法，需根据具体情况判断，主要包括借款协议约定、公司规章制度以及是否违反法律法规强制性规定等因素。以下从不同角度详细分析：
借款协议约定：
- 如果员工与公司之间签订了借款协议，并且协议中明确约定了还款方式为从工资中扣除，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除方式在法律上是允许的。因为双方通过协议明确了各自的权利和义务，员工在签署协议时即表示同意这种还款方式。
公司规章制度：
- 即使没有明确的借款协议，如果公司的规章制度中规定了员工借款可以从工资中扣除的相关条款，并且这些规章制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），且已向员工公示或告知，那么这种扣除方式也可能被视为合法。但需要注意的是，公司规章制度不能违反法律法规的强制性规定，否则相关条款将被视为无效。
法律法规强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是员工劳动所得，用人单位不得随意克扣。但是，在特定情况下，如员工因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果借款行为被视为员工给公司造成的经济损失（这通常需要具体情境判断），且符合上述扣除比例和最低工资标准的要求，那么从工资中扣除借款可能被视为合法。然而，在大多数借款情况下，这种直接关联可能并不成立，因此需谨慎判断。
- 另外，如果借款行为本身存在违法或违规情况（如高利贷、非法集资等），那么从工资中扣除借款显然是不合法的。
实际操作中的注意事项：
- 即使借款协议或公司规章制度中规定了从工资中扣除借款的条款，公司在实际操作时也应确保扣除的合理性、透明性和合法性。例如，应提前告知员工扣除的具体金额、时间和方式，并确保扣除后的工资不低于最低工资标准。
- 如果员工对扣除行为有异议，公司应积极与员工沟通协商，寻求妥善解决方案。如果协商无果，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。
建议：
- 对于员工而言，在签署借款协议或接受公司规章制度时，应仔细阅读相关条款，确保自己了解并同意其中的内容。如果对条款有疑问或异议，应及时向公司提出并寻求解释或修改。
- 对于公司而言，在制定借款协议或规章制度时，应确保条款的合法性、合理性和透明性。同时，在实际操作中应严格遵守相关法律法规和规章制度的要求，确保扣除行为的合法性和合规性。
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