单位借款扣工资一般是不合法的，但具体需分情况讨论：

一、合法性分析

1. 未经员工同意的扣款：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得无故克扣或拖欠。
   • 如果单位未经员工同意，擅自以借款名义扣减工资，这属于违法行为，员工有权要求单位返还被扣的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 经员工同意的扣款：

   • 如果单位与员工之间存在明确的借款协议，且员工同意从工资中扣减借款，那么这种扣款行为在法律上是允许的。
   • 但即便如此，单位也需确保扣款金额不超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%），且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

二、特殊情况考虑

1. 借款性质与用途：

   • 如果借款是用于单位经营或员工个人紧急情况，且双方有明确的约定，那么扣款可能更为合理。
   • 但如果借款是用于非法活动或单位高管个人挥霍，那么这种扣款行为不仅违法，还可能涉及刑事犯罪。

2. 单位规章制度：

   • 如果单位有明确的规章制度规定借款扣工资的情况，且该制度已经过民主程序制定并公示，那么员工在入职时即应知晓并同意遵守。
   • 但即便如此，单位也需确保规章制度的内容合法、合理，且不违反法律法规的强制性规定。

三、法律建议

1. 对于员工：

   • 如果单位未经同意擅自扣款，应首先与单位协商要求返还被扣工资。
   • 协商无果的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 对于单位：

   • 应避免未经员工同意擅自扣款的行为，以免引发劳动争议和法律风险。
   • 如果确实需要借款并扣款，应与员工签订明确的借款协议，并确保扣款金额和方式符合法律法规的规定。

总结来说，单位借款扣工资是否合法取决于多种因素，包括是否经员工同意、借款性质与用途、单位规章制度等。在处理此类问题时，建议双方保持沟通并寻求法律途径解决争议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。