单位借款扣工资一般是不合法的，以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。然而，这一规定针对的是劳动者给用人单位造成经济损失的情况，单位借款并不属于此类情形，所以单位不能以此为由随意扣工资。

从合同约定角度

如果单位与劳动者在劳动合同中有明确约定，单位在特定情况下（如单位资金周转困难等）可以从劳动者工资中借款，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么从合同自由原则出发，这种约定在一定程度上是有效的。但即便如此，单位在操作时也必须遵循合法、合理、公平的原则，不能损害劳动者的基本生活权益。例如，不能一次性扣除过多工资，导致劳动者生活陷入困境。

从实际操作角度

在实际生活中，单位借款扣工资的情况往往存在诸多问题。一方面，单位可能没有与劳动者进行充分的沟通和协商，就擅自扣除工资，这侵犯了劳动者的知情权和协商权。另一方面，单位可能没有按照规定的程序进行操作，比如没有出具相关的借款凭证、没有明确还款期限等，这容易引发劳动纠纷。

法律后果

如果单位违法扣除工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令单位限期支付被扣除的工资；逾期不支付的，还会责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。劳动者也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：如果你遇到了单位借款扣工资的情况，首先要查看劳动合同中是否有相关约定；如果没有约定或者约定不合法，你可以与单位进行协商，要求单位停止违法行为并返还被扣除的工资；如果协商不成，你可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。如果你还有其他疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。