公司未经合法程序擅自以改工资制度扣员工工资是违法的。

公司在更改薪酬制度或扣减员工工资时，必须遵循合法、合理、程序正当的原则，并与员工进行充分的协商和沟通。具体来说：

1. 合法合规要求：

   • 新的薪酬制度必须严格遵守国家法律法规，如劳动法、劳动合同法等。
   • 薪酬水平不得低于当地最低工资标准。
   • 工作时间和加班工资的计算也必须符合法律要求。

2. 协商与沟通：

   • 根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者可以协商一致变更劳动合同的内容，包括薪酬制度。
   • 公司在更改薪酬制度前，应与员工进行充分协商，并取得大多数员工的同意。

3. 民主程序：

   • 对于设有工会或职工代表大会的公司，更改薪酬制度还需提交这些组织讨论，并听取其意见和建议。

若公司未满足上述要求，单方面更改薪酬制度并扣减员工工资，则可能构成违法行为。例如，公司未与员工协商一致就擅自变更绩效规则，减发劳动者工资，这属于变相克扣工资，违反了《劳动合同法》关于劳动合同变更的规定。

因此，如果公司未经合法程序擅自以改工资制度扣员工工资，员工可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。