公司用规章制度来扣除员工工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度为您详细分析：

一、合法扣除工资的情形

1. 规章制度合法且经过民主程序制定

   • 制定程序：公司规章制度必须经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需向员工进行公示或告知，确保员工知晓并理解其内容。
   • 内容合法性：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。罚款等处罚措施也需有明确的法律依据，且不得随意设定。
   • 示例：若公司规章制度明确规定，员工旷工一天将扣除当日工资，且该制度经过民主程序制定并公示，那么公司依据此制度扣除旷工员工工资是合法的。

2. 代扣代缴费用

   • 法律依据：根据法律规定，公司有权代扣员工的个人所得税、社会保险费用（个人负担部分）、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。
   • 示例：公司每月从员工工资中代扣个人所得税，这是基于法律义务的履行，因此是合法的。

3. 赔偿经济损失

   • 条件限制：如果员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 示例：员工因疏忽导致公司货物损坏，公司根据损失情况要求员工赔偿，并从其工资中扣除相应金额，但扣除比例和剩余工资均符合法律规定，那么这种扣除是合法的。

4. 绩效不达标

   • 绩效考核制度：在绩效考核制度公平、公正且明确规定的情况下，如果员工的绩效工资被判定为不达标，公司可以合法扣减其绩效工资。
   • 示例：公司绩效考核制度规定，员工连续两个月绩效不达标将扣减当月绩效工资的20%，若员工确实未达到绩效标准，公司依据此制度扣减工资是合法的。

二、非法扣除工资的情形

1. 规章制度未经法定程序制定

   • 无效制度：如果公司的扣工资制度没有经过民主程序制定，也没有向员工公示或告知，那么该制度对员工不具有约束力。公司依据这样的制度扣减员工工资是不合法的。
   • 示例：公司未经员工讨论或公示，擅自制定扣工资制度，并依据此制度扣除员工工资，这种行为是违法的。

2. 扣工资损害员工基本权益

   • 最低工资标准：公司随意克扣工资，导致员工工资低于当地最低工资标准，或者扣除工资的行为严重影响员工基本生活，均属于非法行为。
   • 示例：公司因员工迟到一次就扣除其当月工资的50%，导致员工工资低于最低工资标准，这种扣除行为是违法的。

3. 缺乏合理依据的扣工资

   • 主观判断：公司没有合理、明确的理由，仅凭主观判断就扣减员工工资，也是不合法的。这种行为侵犯了员工的劳动报酬权。
   • 示例：公司因员工与领导发生争执就擅自扣除其工资，这种扣除行为缺乏合理依据，是违法的。

三、员工维权途径

如果员工认为公司扣减工资的行为不合法，可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行沟通，要求公司说明扣减工资的依据并提供相应证据。这是解决争议的最直接方式。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对公司的扣减行为进行调查和处理。
3. 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，员工可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，公司用规章制度来扣除员工工资是否合法，取决于扣工资的具体原因、公司制度的合法性以及是否遵守了相关法律法规。在任何情况下，公司都应遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。而员工在遭遇不合法扣减时，也应积极采取措施维护自己的权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。