公司自己订制度扣工资是否合法，取决于扣工资的具体原因、公司制度的合法性以及是否遵守了相关法律法规。在符合法定条件和程序的情况下，公司可以依据制度扣减员工工资；反之，则属于非法行为。以下从多个角度为您详细分析：
合法的扣工资情形
规章制度合法且经过民主程序制定
- 公司必须确保规章制度是通过民主程序制定的，例如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需向员工进行公示或告知，内容不得违反法律法规的强制性规定。在此前提下，公司依据这些规章制度扣减员工工资是合法的。
- 举例：如果公司制度规定，员工迟到超过一定次数将扣减相应工资，且该制度已经过民主程序制定并公示，那么公司依据此制度扣减迟到员工的工资是合法的。
代扣代缴费用
- 根据法律规定，公司有权代扣员工的个人所得税、社会保险费用（个人负担部分）、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。这种扣减行为是基于法律义务的履行，因此是合法的。
- 举例：公司每月从员工工资中代扣个人所得税，这是合法的扣减行为。
赔偿经济损失
- 如果员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 举例：员工因疏忽导致公司财产损失，公司根据劳动合同约定要求员工赔偿，且扣减的工资符合上述限制，这是合法的。
绩效不达标
- 在绩效考核制度公平、公正且明确规定的情况下，如果员工的绩效工资被判定为不达标，公司可以合法扣减其绩效工资。
- 举例：公司制度规定，员工绩效不达标将扣减相应绩效工资，且该制度已经过民主程序制定并公示，那么公司依据此制度扣减绩效不达标员工的工资是合法的。
非法的扣工资情形
规章制度未经法定程序制定
- 如果公司的扣工资制度没有经过民主程序制定，也没有向员工公示或告知，那么该制度对员工不具有约束力。公司依据这样的制度扣减员工工资是不合法的。
- 举例：公司突然出台一项扣工资制度，且未经过民主程序制定和公示，那么该制度对员工无效，公司依据此制度扣减员工工资是非法的。
扣工资损害员工基本权益
- 公司随意克扣工资，导致员工工资低于当地最低工资标准，或者扣除工资的行为严重影响员工基本生活，均属于非法行为。
- 举例：公司因经营不善而随意扣减员工工资，导致员工工资低于当地最低工资标准，这是非法的。
缺乏合理依据的扣工资
- 公司没有合理、明确的理由，仅凭主观判断就扣减员工工资，也是不合法的。这种行为侵犯了员工的劳动报酬权。
- 举例：公司领导因个人喜好而随意扣减某员工的工资，没有合理依据，这是非法的。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第二十五条、第九十一条明确规定了劳动者工资的保护和用人单位不得无故克扣劳动者工资的原则。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步细化了用人单位可以代扣劳动者工资的情形以及扣减的限额。
员工维权途径
如果员工认为公司扣减工资的行为不合法，可以采取以下措施来维护自己的权益：
- 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行沟通，要求公司说明扣减工资的依据并提供相应证据。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对公司的扣减行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，员工可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，公司制度扣工资是否合法需综合考虑多个因素。在任何情况下，公司都应遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。而员工在遭遇不合法扣减时，也应积极采取措施维护自己的权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。