公司制定扣款制度是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

一、合法性前提：制度制定程序与内容合法

1. 制定程序合法：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 若公司制定的扣款制度未经上述民主程序，则可能因程序违法而被认定为无效。

2. 制度内容合法：

   • 扣款制度的内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，扣款金额不得超过劳动者当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%），且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 若扣款制度的内容违反法律法规，如无故克扣工资、以罚款为目的进行扣款等，则该制度内容违法，不具有法律效力。

二、合法性判断：具体扣款情形分析

1. 因劳动者过错导致的扣款：

   • 若劳动者因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可以依据合法有效的扣款制度进行扣款，但需确保扣款金额合理且符合法律法规的规定。

2. 非因劳动者过错导致的扣款：

   • 若扣款并非因劳动者过错导致，如用人单位因经营困难、资金周转问题等而扣款，则这种扣款行为可能缺乏合法依据，构成违法克扣工资。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 若公司制定的扣款制度违法，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣的工资及可能的经济补偿金。
   • 用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。

2. 建议：

   • 对于用人单位：在制定扣款制度时，应确保制度内容合法、程序正当，并明确扣款的具体情形、金额及程序等，以避免法律风险。
   • 对于劳动者：若发现用人单位制定的扣款制度违法或存在不合理扣款情形，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结来说，公司制定扣款制度的合法性取决于制度制定程序与内容的合法性以及具体扣款情形的合理性。若制度合法且扣款情形合理，则扣款行为合法；反之，则可能构成违法克扣工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。