结论前置：公司在制度中约定扣款条款是否违法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若扣款条款违反法律强制性规定，则违法
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅可在两种情形下扣减工资：

   • 劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位可按照劳动合同约定要求赔偿经济损失（每月扣减不得超过当月工资的20%，且扣减后剩余工资不得低于当地月最低工资标准）；
     
   • 劳动者违反用人单位依法制定的规章制度，且规章制度中明确规定了扣款标准及程序（需符合民主程序和公示要求）。
     若公司制度中的扣款条款超出上述范围（如无故扣减工资、扣减比例超过法定标准等），则属于违法行为。

2. 若扣款条款符合法定条件且程序合法，则不违法
   若公司制度中的扣款条款满足以下条件，则具有合法性：

   • 内容合法：扣款原因限于法定情形（如经济损失赔偿、违反规章制度等），且扣款金额符合比例限制；
     
   • 程序合法：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、协商确定），并向劳动者公示或告知；
     
   • 不侵犯基本权益：扣款后劳动者工资不得低于当地最低工资标准。
     例如，公司因员工严重失职造成重大损失，按合同约定扣减部分工资（不超过20%），且制度已公示，则属于合法操作。

3. 若扣款条款未履行民主程序或未公示，则可能被认定无效
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如工资扣减），需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。若未履行上述程序，或未向劳动者公示，则扣款条款可能被劳动仲裁或法院认定为无效。

建议：

• 公司应审查制度中的扣款条款，确保内容、程序均符合法律规定；
  
• 劳动者若认为扣款违法，可收集证据（如工资条、制度文本、公示证明等）向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有具体条款或案例需要分析，可直接向我咨询。