公司制度扣款在以下情况算是违反劳动法：

1. 扣款无合法依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司制度中的扣款条款必须合法、合理，且需经过民主程序制定并公示或告知劳动者。若公司制度中的扣款条款未经合法程序制定，或者扣款理由缺乏法律依据（如以罚款为名行克扣工资之实），则属于违法行为。
   • 例子：公司制度规定“员工迟到一次扣款500元”，但此规定未经职工代表大会或全体职工讨论通过，也未公示或告知员工，且该扣款金额明显过高，缺乏合理性，因此该扣款条款违法。

2. 扣款超过法定比例或限额：

   • 即使公司制度中的扣款条款合法，扣款金额也不得超过法定比例或限额。例如，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 计算公式：若员工月工资为W，因个人原因造成损失需赔偿的金额为L，则每月最多可扣除的金额为min(L, 0.2W)，且扣除后剩余工资应满足W - min(L, 0.2W) ≥ 当地最低工资标准。
   • 例子：员工月工资为5000元，因个人原因造成公司损失1000元，则公司每月最多可扣除1000元（因为1000元小于5000元的20%即1000元），且扣除后剩余工资为4000元，不低于当地最低工资标准。

3. 扣款未遵循法定程序：

   • 公司在实施扣款前，应确保已遵循法定程序，如与劳动者协商、告知扣款原因及金额、提供申诉渠道等。若公司未遵循这些程序，直接扣款，则可能构成违法。
   • 例子：公司未经与员工协商，直接在其工资中扣除了一笔“绩效不达标罚款”，且未提供任何申诉渠道或解释说明，此行为违法。

4. 扣款用于非法目的：

   • 公司制度中的扣款应仅用于合法目的，如赔偿公司损失、支付违约金等。若公司以扣款为名，行非法集资、挪用资金等之实，则显然违法。
   • 例子：公司制度规定“员工需每月缴纳一定金额作为公司‘发展基金’”，但此基金并未用于公司合法发展目的，而是被公司高层私自挪用，此行为违法。

法律建议：

• 若你遇到公司制度扣款违法的情况，首先应与公司沟通协商，要求公司说明扣款原因、依据及金额，并要求公司提供相关证据。
• 若协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，保留好相关证据（如工资条、扣款通知、公司制度等）至关重要，以便在需要时提供证明。

可能法律后果：

• 若公司制度扣款违法，公司可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
• 同时，公司还需承担向劳动者支付被违法扣款金额及可能的经济补偿金等法律责任。