关于公司员工违反劳动制度罚款是否违法的问题，这确实是一个需要细致分析的问题，不能简单地一概而论。以下是我为您提供的详细解答：
一、罚款的合法性基础
首先，我们需要明确的是，从现行的劳动法律法规来看，《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等并未直接赋予用人单位对劳动者进行罚款的权利。罚款实际上是对劳动者财产权的一种侵害，而劳动者的工资报酬是其付出劳动后应得的合法收入，公司不能擅自克扣。
二、罚款违法的常见情形
缺乏法律依据：如果公司规章制度中未明确规定罚款事项，或者罚款的依据与法律法规相抵触，那么这种罚款行为就是违法的。
程序不当：公司在对员工进行罚款前，必须遵循一定的程序，如调查取证、告知员工处罚事由及依据、给予员工陈述申辩的机会等。如果未经这些法定程序即对员工进行罚款，那么这种行为也是违法的。
滥用罚款权：如果公司动辄罚款、罚款金额过高，或者以罚代管，将罚款作为管理手段滥用，这不仅损害了员工的权益，还可能触犯法律。
三、罚款可能合法的特殊情况
尽管一般情况下公司无权罚款，但在某些特殊情况下，公司的扣款行为可能并不违法。这主要包括：
员工给公司造成经济损失：如果劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。赔偿款可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
合法有效的规章制度规定：如果用人单位依法制定并经民主程序、公示程序的规章制度中，有关于合理扣款的规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么在符合规定情形时进行扣款可能是合法的。但这里的“扣款”并非罚款，而是基于员工未提供劳动、违反公司规定或其他合理原因而进行的工资扣减。
四、建议与注意事项
完善规章制度：公司应依法制定和完善规章制度，明确罚款（或扣款）的情形、标准和程序，并确保规章制度不违反法律法规的强制性规定。
加强沟通与培训：通过培训和沟通让员工了解公司的规章制度和罚款（或扣款）政策，增强员工的合规意识。
注重程序正义：在实施罚款（或扣款）前应进行充分的调查和取证工作，并给予员工陈述申辩的机会，确保处罚决定的公正性和合理性。
寻求专业意见：在处理复杂的罚款（或扣款）问题时，建议咨询专业的劳动法律师或法律顾问的意见，以确保处理方式的合法性和有效性。
综上所述，公司员工违反劳动制度罚款是否违法，取决于罚款的依据、程序以及金额是否合理合法。公司在对员工进行罚款时，必须谨慎行事，确保罚款行为有明确的法律依据和合理的规章制度支持，同时遵循相关法律法规的程序性要求。