公交公司扣款制度的合法性需结合具体情境来判断，若符合法定条件且程序正当则合法，否则可能违法。以下是对此问题的详细分析：
一、扣款制度合法的情形
基于合同约定：
- 如果公交公司与员工在劳动合同或相关规章制度中明确约定了扣款事项及条件，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么扣款制度在合同约定的范围内是合法的。例如，合同中可能规定因员工迟到、早退、旷工等行为而扣除一定比例的工资作为惩罚。这种情况下，扣款行为是基于双方自愿达成的合同，具有法律效力。
基于法定事由：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法规，用人单位在某些法定情形下可以代扣劳动者工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等。若公交公司的扣款行为属于这些法定事由之一，则其扣款制度是合法的。例如，公交公司按照法律规定代扣员工的个人所得税，这是合法的扣款行为。
程序正当性：
- 扣款制度的制定和实施应遵循一定的程序要求，如经过民主程序讨论通过、向员工公示等。如果公交公司在制定扣款制度时遵循了这些程序要求，且员工对扣款制度有明确的了解，那么扣款制度在程序上也是合法的。这确保了扣款制度的透明度和公正性，保护了员工的合法权益。
二、扣款制度可能违法的情形
违反法律法规的强制性规定：
- 如果公交公司的扣款制度违反了法律法规的强制性规定，如克扣或无故拖欠劳动者工资、低于当地最低工资标准支付劳动者工资等，则该扣款制度是违法的。例如，公交公司无故扣除员工工资，且扣除后的工资低于当地最低工资标准，这种行为就是违法的。
缺乏合理依据：
- 如果公交公司的扣款行为没有合理的依据或理由，或者扣款金额与员工的过错程度不成比例，那么这种扣款行为可能是不合理的，甚至可能构成违法。例如，员工因轻微迟到被扣除大量工资，且这种扣除与员工的过错程度明显不成比例，那么这种扣款行为就可能是不合理的。
程序不合法：
- 如果公交公司在制定或实施扣款制度时没有遵循法定的程序要求，如未经过民主程序讨论通过、未向员工公示等，那么该扣款制度在程序上可能是不合法的。这可能导致扣款制度缺乏透明度和公正性，损害员工的合法权益。
法律建议
- 审查合同和规章制度：员工应仔细审查与公交公司签订的劳动合同和规章制度，了解其中关于扣款事项及条件的约定，确保自己的权益不受侵害。
- 保留证据：如果员工认为公交公司的扣款行为违法或不合理，应保留相关证据，如工资条、扣款通知等，以便在需要时维护自己的权益。
- 寻求法律帮助：如果员工对公交公司的扣款制度有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以向专业律师咨询，了解自己的法律权益和维权途径。
作为牛振平律师，我专注于劳动仲裁、工伤赔偿等领域，如果你对公交公司扣款制度或其他相关法律问题有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。