公司制定规章制度进行扣款，在一般情况下是不合法的，但在特定情况下，如员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可以要求员工进行经济赔偿，这并非传统意义上的“罚款”，而是基于损失赔偿的合理性。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况下的非法性

1. 法律层面：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位应当依法建立和完善规章制度，但并未赋予用人单位直接对员工进行罚款的权力。罚款本质上是一种行政处罚，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使，公司并不具备此权限。

2. 规章制度制定程序：

   • 公司的规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需向员工进行公示或告知，内容不得违反法律法规的强制性规定。如果规章制度未经法定程序制定或未向员工公示，那么该制度对员工不具有约束力，公司依据这样的制度扣减员工工资是不合法的。

二、特定情况下的合理性

1. 经济损失赔偿：

   • 若员工因故意或重大过失给公司造成了实际的经济损失，根据《工资支付暂行规定》第十六条，公司可以依据劳动合同要求员工进行经济赔偿，从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这种情况下，扣款并非罚款，而是基于损失赔偿的合理性。

2. 劳动合同约定：

   • 如果劳动合同中有明确约定，在特定情况下公司可以对员工进行扣款，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣款是合法的。但劳动合同中的扣款条款应清晰、具体，避免模糊或歧义。

三、合法管理员工的措施

为确保公司正常运营并维护员工纪律，公司可以采取以下合法措施来管理员工，而非直接罚款：

1. 警告制度：对于轻微违规行为，公司可以给予口头或书面警告，作为提醒和改正的机会。

2. 解除劳动合同：对于严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，公司有权依法解除劳动合同。

3. 绩效考核与激励：通过设立合理的绩效考核体系，对表现优秀的员工给予奖励，对表现不佳的员工进行辅导和改进，以此激发员工的积极性和创造力。

4. 培训与教育：定期组织员工培训，提升员工的职业素养和技能水平，增强员工对公司规章制度的理解和遵守意识。

四、员工维权途径

如果员工认为公司扣减工资的行为不合法，可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与公司协商：首先尝试与公司进行协商，了解扣款的具体原因和依据，寻求合理的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门进行投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：在投诉无果的情况下，员工还可以申请劳动仲裁进行裁决。劳动仲裁机构将依法对争议进行审理，并作出公正的裁决。

综上所述，公司制定规章制度进行扣款在一般情况下是不合法的。公司应严格遵守相关法律法规，采取合法且合理的方式来管理员工，确保公司的稳健发展和员工的合法权益得到保障。如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。