您好，关于“规章制度约定不合格扣款是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益和公司规章制度合法性的重要议题。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《行政处罚法》的规定，罚款作为一种行政处罚手段，其设定和实施主体有严格的法律限制。具体来说，罚款只能由法律、法规和行政规章设定，并且实施主体仅限于法律法规授权的行政机关等。这意味着，一般的公司或企业并不具备对劳动者进行罚款的法定权力。

接下来，我们再看《劳动合同法》的相关规定。该法规定了劳动者在特定情况下（如违反服务期约定、竞业限制约定，或违法解除劳动合同、违反保密义务等）需要向用人单位支付违约金或承担赔偿责任的情形。然而，除了这些明确规定的情形外，《劳动合同法》并未赋予用人单位对劳动者进行罚款的权利。

结合上述两点，我们可以得出结论：在现行法律框架下，公司规章制度中约定的罚款条款（如因工作不合格而扣款）通常是不合法的。因为这样的条款违反了《行政处罚法》关于罚款设定和实施主体的规定，同时也超出了《劳动合同法》中关于劳动者支付款项的法定情形。

因此，如果公司规章制度中包含了不合格的罚款条款，劳动者有权对此提出异议，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。在面临此类问题时，建议劳动者咨询专业律师或法律机构，以获取更具体的法律建议和支持。

总的来说，规章制度约定不合格扣款在现行法律下通常是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取法律措施维护自己的合法权益。