核心结论：您与总公司签订劳动合同，但由分公司发放工资，若因此产生纠纷，可通过以下途径维权：
确认劳动关系主体
根据《劳动合同法》及司法实践，劳动合同签订方（总公司）是您的用人单位，需承担劳动关系项下的全部义务（如工资支付、社保缴纳等）。分公司发放工资的行为可能属于内部财务安排，但不影响总公司作为用人单位的法律地位。
建议：首先梳理劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录等证据，明确劳动关系主体。若分公司实际承担了用人单位义务（如独立招聘、管理、支付工资），可主张分公司与总公司承担连带责任。
维权途径选择
- 协商解决：与总公司或分公司沟通，要求补发工资、补缴社保或明确劳动关系主体。
- 劳动监察投诉：向当地劳动保障监察部门投诉，要求查处用人单位违法行为（如未足额支付工资、未缴纳社保）。
- 劳动仲裁申请：以总公司为被申请人，向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张工资、经济补偿等权益。若分公司实际参与用工管理，可申请追加分公司为共同被申请人。
- 诉讼程序：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼，进一步主张权益。
关键证据收集
- 劳动合同：证明您与总公司的劳动关系。
- 工资发放记录：银行流水、工资条等，证明分公司实际支付工资。
- 社保缴纳记录：若社保由总公司或分公司缴纳，可作为劳动关系补充证据。
- 工作证明：工牌、考勤记录、工作邮件等，证明您实际为总公司或分公司提供劳动。
- 沟通记录：与总公司或分公司协商的邮件、聊天记录等，证明您曾主张权益。
注意事项
- 时效性：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权益被侵害之日起计算。
- 管辖地：可选择劳动合同履行地（实际工作地点）或用人单位所在地（总公司注册地）的仲裁机构或法院。
- 法律适用：若分公司未依法取得营业执照，其用工行为可能被认定为总公司的直接用工，总公司需承担全部责任。
总结：您的情况需先明确劳动关系主体，再通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维权。建议优先收集证据，明确诉求后选择最合适的维权方式。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。