结论：员工入职没有签合同后来又离职了，用人单位扣工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据角度

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论劳动者是否与用人单位签订了劳动合同，只要劳动者提供了正常劳动，用人单位就必须按照约定支付工资，不能随意扣减。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第十条：要求建立劳动关系应当订立书面劳动合同。用人单位未与劳动者签订书面劳动合同，本身就已经违反了法律规定。
3. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
4. 《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这一规定进一步强调了用人单位未签订劳动合同的违法成本，同时也保障了劳动者在未签订合同期间的权益，但并没有赋予用人单位扣工资的权利。
5. 《劳动保障监察条例》第二十六条：用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。

实际情况分析角度

在实际工作中，劳动者入职后为用人单位提供了劳动，就与用人单位形成了事实上的劳动关系。即使没有签订书面劳动合同，这种劳动关系也是受法律保护的。用人单位以未签合同为由扣发工资，是没有法律依据的。例如，小张入职一家公司，工作了两个月后离职，公司以未签合同为由扣了他半个月工资。小张提供了正常的工作，完成了工作任务，公司扣工资的行为就是违法的。

应对措施角度

如果遇到用人单位以未签合同为由扣工资的情况，劳动者可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 协商沟通：劳动者可以先尝试与用人单位进行协商，明确工资支付标准，要求用人单位补发被扣的工资。在协商过程中，要注意保留好相关的证据，如工作记录、考勤记录等，以证明自己提供了正常劳动。
2. 投诉举报：若协商未果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，责令用人单位支付被扣的工资，并可能对用人单位进行处罚。
3. 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，劳动者需要提供相关的证据来证明自己的主张，如工资条、工作证明等。仲裁委员会会根据事实和法律作出裁决，要求用人单位支付工资及可能的赔偿。

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