结论前置：事业单位外聘合同人员辞职时，单位不可以仅以工作移交没有移交清楚为由不发工资。
详细分析：
工资支付的法律义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是用人单位的基本法律义务，不因劳动者是否完成工作移交而免除。
工作移交与工资支付的关系：
- 工作移交是劳动者在离职时应当履行的一项义务，它确保了工作的连续性和单位运营的顺畅。然而，工作移交与工资支付是两个独立的法律关系。即使劳动者未完成工作移交，单位也不能以此为由拒绝支付工资。单位可以通过其他合法途径（如要求劳动者继续完成移交、追究其违约责任等）来维护自身权益，但不能侵犯劳动者的工资支付权。
可能的法律后果：
- 如果单位以工作移交没有移交清楚为由不发工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位支付拖欠的工资。在劳动仲裁或诉讼过程中，单位需要承担举证责任，证明劳动者确实未完成工作移交且该未完成行为给单位造成了实际损失。如果单位无法提供充分证据，将可能面临支付工资及赔偿金等法律后果。
建议与行动：
- 对于劳动者而言，如果遇到单位以工作移交未完成为由拒发工资的情况，首先应当与单位进行沟通协商，明确双方的权利和义务。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于单位而言，应当加强内部管理，明确工作移交的标准和流程，并在劳动合同中明确约定相关条款。同时，在劳动者离职时，应当及时与其进行工作交接，并保留好相关证据，以避免不必要的法律纠纷。
总结：事业单位外聘合同人员辞职时，单位不得以工作移交没有移交清楚为由不发工资。双方应当遵守相关法律法规和劳动合同约定，通过合法途径解决争议。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。