结论：公司让强制休假12天且这12天只发基本工资，这一行为本身不直接影响之后的经济补偿金计算，但具体是否影响需结合休假原因、公司规章制度及劳动合同约定等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、经济补偿金的计算基础

经济补偿金的计算通常基于劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。这一平均工资的计算，原则上应包括劳动者正常工作状态下应得的全部工资性收入，如基本工资、奖金、津贴、补贴等。然而，在特定情况下，如劳动者因非自身原因（如公司安排休假、停工停产等）导致工资收入减少时，经济补偿金的计算可能会受到影响。

二、强制休假与基本工资发放的影响

1. 休假原因：

   • 如果公司因生产经营需要，如淡季、设备检修等原因安排劳动者强制休假，且休假期间按照劳动合同或公司规章制度发放了基本工资，这一行为本身不构成违法，也不直接影响经济补偿金的计算。因为此时劳动者的工资收入减少并非因其自身原因导致，而是公司正常经营安排的结果。
   • 如果公司强制休假的原因涉及违法或违反劳动合同约定，如无故停工、恶意降薪等，劳动者有权要求公司支付全额工资或解除劳动合同并主张经济补偿金。在此情况下，经济补偿金的计算将基于劳动者正常工作状态下的工资水平。

2. 公司规章制度与劳动合同约定：

   • 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了强制休假期间的工资发放标准（如只发放基本工资），且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照这一标准发放工资是合法的。此时，经济补偿金的计算将基于劳动者实际领取的工资水平。
   • 如果公司规章制度或劳动合同中未对强制休假期间的工资发放作出明确规定，或者规定违反了法律法规的强制性规定（如低于当地最低工资标准），那么公司应按照法律法规的规定或劳动合同的约定支付工资。否则，劳动者有权要求公司补足工资差额，并在解除劳动合同时主张相应的经济补偿金。

三、实际操作建议

1. 审查公司规章制度与劳动合同：

   • 劳动者应仔细审查公司规章制度和劳动合同中关于强制休假和工资发放的规定，确保自己的权益不受侵害。

2. 与公司沟通协商：

   • 如果劳动者对公司强制休假和工资发放的做法有异议，应首先与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。

3. 保留证据并寻求法律援助：

   • 如果公司拒绝协商或协商无果，劳动者应保留好相关证据（如休假通知、工资条等），并及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

示例说明：假设劳动者小张在公司工作满3年，月平均工资为8000元（包括基本工资、奖金等）。因公司淡季安排强制休假12天，期间只发放基本工资3000元。若小张在休假后继续工作并在合同期满时解除劳动合同，其经济补偿金应基于其正常工作状态下的月平均工资8000元计算，而非休假期间的3000元。当然，具体计算还需考虑其他因素，如休假是否影响全年平均工资的计算等。

总结：公司强制休假且只发基本工资的行为本身不直接影响经济补偿金的计算，但具体是否影响需结合休假原因、公司规章制度及劳动合同约定等因素综合判断。劳动者应仔细审查相关规定，与公司沟通协商，并在必要时保留证据寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。